Якщо emacs, який ви працюєте в Linux, створює нове вікно, то ви запускаєте його як додаток X11 (додаток GUI). Зазвичай emacs для Linux та інших систем просто працює у відкритому терміналі (як консольний додаток).
Версія emacs, що постачається з OS X, складається лише для запуску в терміналі. Для повторного запуску у новому вікні вам потрібна інша версія emacs. Я б використовував Aquamacs, який є emacs, модифікованим таким чином, щоб діяти як звичайний додаток OSX Cocoa. Стандартний GNU emacs має версію програми Cocoa, яка за замовчуванням є більш схожою на поведінку на інших платформах і доступна у двійковій версії тут .
Ви також можете отримати версії X11. Ось повний список доступних типів Emacs для OS X .