Я також вважаю за краще, щоб Mail.app не позначав наступне повідомлення як прочитане. Я також використовую Yosemite. Єдиний спосіб, який я знаю, щоб досягти цього - приховати переглядач повідомлень:
Пошта => Налаштування => Вкладка перегляду => виберіть "Використовувати класичний макет"
Тепер у вікні Пошта відображаються лише список поштових скриньок зліва (що є необов’язковим) та повідомлення в поточній поштовій скриньці праворуч. (Можливо, вам потрібно буде перетягнути роздільник між панеллю списку повідомлень і панеллю перегляду повідомлень до кінця вікна.) Щоб переглянути повідомлення, двічі клацніть його у вікні списку, і воно відкриється в окремому вікні . Звідти ви можете закрити, відповісти, переслати, позначити або видалити. Якщо ви видалите його, наступне повідомлення у списку буде виділено, але не позначене як прочитане, поки ви не відкриєте його.
Сподіваюсь, це допомагає.