Оскільки Thunderbolt базується на PCI Express, видається, що можна підключитися до декількох вузлів, використовуючи стандарт PCI Express. Однак, для виконання такого перемикання декількох хостів, які мають спільний доступ до декількох пристроїв, може знадобитися додаткове програмне забезпечення або апаратне забезпечення.
Речі, на які слід дивитися Непрозора сполука PCI Express а згодом непрозора перемикання Thunderbolt.
PCI Express і тому Thunderbolt є одночасно рівноправними інтерфейсами, подібно до FireWire, так що це плюс. Проте PCI Express, як видається, має деякі конкретні потреби приймаючої станції PCI Express Peer-to-Peer Interconnect від GE.
Його низька затримка, висока пропускна здатність, широка підтримка і ефективний кремній зробили PCI Express повсюдним. Однак він може використовуватися для більш ніж просто спілкування між хостом і периферійним пристроєм: він має багато переваг у якості технології peerto-peer. Впровадження цього, однак, вимагає розуміння того, як працює PCI Express. У цьому документі викладені складності, які необхідно розібрати і подолати, і описано програмний продукт GE, який забезпечує рішення, яке маскує ці складності від розробників.
На даний момент єдине, що Apple визначила для підключення двох Mac-ов через Thunderbolt, це режим Target Disk, який працює над ним.