Я вважаю, що поведінка Safari за замовчуванням - це відкриття посилання у найстарішому відкритому вікні. Мінімізовані вікна, як правило, старіють, звідси роздратування Safari, що відображає мінімізовані вікна при відкритті посилання з іншого додатка.
Ви можете легко перевірити це. Почекайте, коли це станеться. Потім знову мінімізуйте вікно. Поведінка повинна повторюватися нескінченно. Далі скопіюйте URL-адресу потрібного вікна та закрийте це вікно. Відкрийте нове вікно, вставте URL-адресу, натисніть return і мінімізуйте її. Потім відкрийте зовнішнє посилання, і воно більше не переходитиме до цього вікна.
Звичайно, це не допомагає - це просто пояснює поведінку. Єдине, що може врешті допомогти - це подання звіту про помилку:
http://www.apple.com/feedback/safari.html