Текст до ДНК-гольфу

Виклик

Перетворити вхід у вихід ДНК.

Алгоритм

• Перетворити текст у кодові точки ASCII (наприклад codegolf-> [99, 111, 100, 101, 103, 111, 108, 102])
• Рядок ASCII-кодів (наприклад 99111100101103111108102)
• Перетворити у двійкове (наприклад 10100111111001101001011010001000011001101011011110000110010111111011000000110)
• Прокладіть 0s в кінці, щоб вирівняти парну кількість символів (наприклад 101001111110011010010110100010000110011010110111100001100101111110110000001100)
• Замінити 00на A, 01з C, 10з Gі 11на T(наприклад GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA)
• Вихідні дані

Випробування

codegolf > GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA
ppcg > GGCTAATTGTCGCACTT
} > TTGG (padding)

Технічні умови

• Це код-гольф
• Ваша програма повинна приймати пробіли у введенні.
• Ваша програма повинна працювати codegolf.

Желе , 15 13 байт

OVBs2UḄị“GCTA

Спробуйте в Інтернеті! або перевірити всі тестові випадки .

Як це працює

OVBs2UḄị“GCTA    Main link. Argument: s (string)

O                Ordinal; replace each character with its code point.
 V               Eval. This converts the list to a string before evaluating, so it
                 returns the integer that results of concatenating all the digits.
  B              Binary; convert from integer to base 2.
   s2            Split into chunks of length 2.
     U           Upend; reverse the digits of each chunk.
                 Reversing means that we would have to conditionally PREPEND a zero
                 to the last chunk, which makes no difference for base conversion.
      Ḅ          Unbinary; convert each chunk from base 2 to integer.
                 `UḄ' maps:
                     [0, 1   ] -> [1,    0] -> 2
                     [1, 0(?)] -> [0(?), 1] -> 1
                     [1, 1   ] -> [1,    1] -> 3
                     [0, 0(?)] -> [0(?), 0] -> 0
       ị“GCTA    Replace each number by the character at that index.
                 Indexing is 1-based, so the indices are [1, 2, 3, 0].

CJam, 24 23 байти

Дякуємо Деннісу за те, що він дійсно розумним чином заощадив 1 байт. :)

l:isi2b2/Wf%2fb"AGCT"f=

Перевірте це тут.

Пояснення

Дуже пряма реалізація специфікації. Єдиний цікавий біт - це прокладка до парної кількості нулів (що насправді була ідеєю Денніса). Замість того, щоб обробляти цифри кожної пари у звичайному порядку, ми робимо другий біт найбільш значущим. Це означає, що закінчення в одному біті ідентичне додаванню до нього нуля, а значить, нам взагалі не потрібно додавати нуль.

l          e# Read input.
:i         e# Convert to character codes.
si         e# Convert to flat string and back to integer.
2b         e# Convert to binary.
2/         e# Split into pairs.
Wf%        e# Reverse each pair.
2fb        e# Convert each pair back from binary, to get a value in [0 1 2 3].
"AGCT"f=   e# Select corresponding letter for each number.

Python 2, 109 103 байт

lambda s,j=''.join:j('ACGT'[int(j(t),2)]for t in
zip(*[iter(bin(int(j(`ord(c)`for c in s))*2)[2:])]*2))

Перевірте це на Ideone .

Рубін, 59 байт

$_='%b0'.%$_.bytes*''
gsub(/../){:ACGT[$&.hex%7]}
chomp'0'

Повна програма. Біжи з -pпрапором.

Python 3, 130 байт.

Збережено 2 байти завдяки vaultah.
Збережено 6 байт завдяки Кевіну Лау - не Кенні.

Я ненавиджу, як важко перетворити на бінарне в python.

def f(x):c=bin(int(''.join(map(str,map(ord,x)))))[2:];return''.join('ACGT'[int(z+y,2)]for z,y in zip(*[iter(c+'0'*(len(c)%2))]*2))

Тестові приклади:

assert f('codegolf') == 'GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA'
assert f('ppcg') == 'GGCTAATTGTCGCACTT'

Рубін, 80 байт

->s{s=s.bytes.join.to_i.to_s 2;s+=?0*(s.size%2)
s.gsub(/../){"ACGT"[$&.to_i 2]}}

Математика, 108 байт

{"A","C","G","T"}[[IntegerDigits[Mod[Floor@Log2@#,2,1]#&@FromDigits[""<>ToString/@ToCharacterCode@#],4]+1]]&

Бере рядок як вхідний і виводить список баз.

Python 3, 126 байт

lambda v:"".join(["ACGT"[int(x,2)]for x in map(''.join,zip(*[iter((bin(int("".join([str(ord(i))for i in v])))+"0")[2:])]*2))])

Pyth, 25 байт

sm@"ACGT"id2Pc.B*4sjkCMQ2

Спробуйте тут!

Пояснення

Випинання хитрощів з відповіді Мартінса CJam .

sm @ "ACGT" id2Pc.B * 4sjkCMQ2 # Q = вхід

                     CMQ # Зіставте кожен символ Q з його символьним кодом
                  sjk # Об'єднайтеся в один рядок і перетворіть у ціле число
              .B * 4 # Багаторазово з 4 та перетворити у двійкове
             c 2 # Розділіть на пари
            P # Відмовтеся від останньої пари
 m # Карта кожної пари d
         id2 # Перетворити пару з двійкової в десяткову
  @ "ACGT" # Використовуйте результат ^ як індекс у рядок пошуку
s # Приєднайте отриманий список до рядка

05AB1E , 23 байти

Код:

SÇJb00«2÷¨C3210"TGCA"‡á

Використовує кодування CP-1252 . Спробуйте в Інтернеті! .

Java, 194 байти

String a(int[]a){String s="",r=s;for(int i:a)s+=i;s=new BigInteger(s).toString(2)+0;for(int i=0,y,n=48;i<(s.length()/2)*2;r+=s.charAt(i++)==n?y==n?'A':'G':y==n?'C':'T')y=s.charAt(i++);return r;}

Безумовно

String a(int[] a) {
    String s = "", r = s;
    for (int i : a) s += i;
    s = new BigInteger(s).toString(2) + 0;
    for (int i = 0, y, n = 48; i < (s.length() / 2) * 2; 
        r += s.charAt(i++) == n 
                 ? y == n 
                 ? 'A' 
                 : 'G' 
                 : y == n 
                 ? 'C' 
                 : 'T')
        y = s.charAt(i++);
    return r;
}

Примітка

• Вхід - це масив символів (який повинен вважатися формою String), параметр типу, int[]тому що один байт збережений char[].

Вихідні дані

Input:  codegolf
Output: GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA

Input:  .
Output: GTG

Input:  }
Output: TTGG

Input:  wow
Output: TGATAGTTGTGCTG

Input:  programming puzzles
Output: GTGTCAGAGTTGAAGGCCGTTCCGCAGTGCATTTGGCTCGTCTGGTGTCTACTAGCCTGCGAGAGGAGTTACTTTGGATCCTTGACTTGT

MATL , 21 байт

'CGTA'joV4Y2HZa2e!XB)

Спробуйте в Інтернеті!

Пояснення

'CGTA'   % Push string to be indexed into
j        % Take input string
o        % Convert each char to its ASCII code
V        % Convert to string (*). Numbers are separated by spaces
4Y2      % Push the string '0123456789'
H        % Push number 2
Za       % Convert string (*) from base '0123456789' to base 2, ignoring spaces
2e       % Reshape into a 2-column matrix, padding with a trailing 0 if needed
!        % Transpose
XB       % Convert from binary to decimal
)        % Index into string with the DNA letters. Indexing is 1-based and modular

Pyth , 23 байти

sm@"AGCT"i_d2c.BsjkCMQ2

Спробуйте в Інтернеті!

Пояснення

Позичення хитрості з відповіді Дженніса «Желе» .

sm@"AGCT"i_d2c.BsjkCMQ2
                   CMQ   convert each character to its byte value
                sjk      convert to a string and then to integer
              .B         convert to binary
             c        2  chop into pairs
 m         d             for each pair:
          _                  reverse it
         i  2                convert from binary to integer
  @"AGCT"                    find its position in "AGCT"
s                        join the string

Groovy, 114 байт

{s->'ACGT'[(new BigInteger(((Byte[])s).join())*2).toString(2).toList().collate(2)*.with{0.parseInt(it.join(),2)}]}

Пояснення:

{s->
    'ACGT'[ //access character from string
        (new BigInteger( //create Big Integer from string
           ((Byte[])s).join() //split string to bytes and then join to string
        ) * 2) //multiply by 2 to add 0 at the end in binary
        .toString(2) //change to binary string
        .toList() //split to characters
        .collate(2) //group characters by two
        *.with{
            0.parseInt(it.join(),2) //join every group and parse to decimal
        }
     ]
}

Джулія 0,4, 77 байт

s->replace(bin(BigInt(join(int(s)))),r"..?",t->"AGCT"[1+int("0b"reverse(t))])

Ця анонімна функція приймає символьний масив як вхідний і повертає рядок.

Спробуйте в Інтернеті!

Python 2.7, 135 байт

def f(A):g=''.join;B=bin(int(g(map(str,map(ord,A)))))[2:];B+=len(B)%2*'0';return g('ACGT'[int(B[i:i+2],2)] for i in range(len(B))[::2])

Безголівки:

def f(A):
    g = ''.join
    B = bin(int(g(map(str,map(ord,A)))))[2:] # convert string input to binary
    B += len(B)%2 * '0' # add extra 0 if necessary
    return g('ACGT'[int(B[i:i+2],2)] for i in range(len(B))[::2]) # map every two characters into 'ACGT'

Вихідні дані

f('codegolf')
'GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA'

Javascript ES7, 105 103 байт

s=>((+[for(c of s)c.charCodeAt()].join``).toString(2)+'0').match(/../g).map(x=>"ACGT"['0b'+x-0]).join``

Частина ES7 - це for(c of s)частина.

Версія ES6, 107 105 байт

s=>((+[...s].map(c=>c.charCodeAt()).join``).toString(2)+'0').match(/../g).map(x=>"ACGT"['0b'+x-0]).join``

Невикористаний код

dna = (str)=>{
  var codes = +[for(c of str)c.charCodeAt()].join``;
  var binaries = (codes.toString(2)+'0').match(/../g);
  return binaries.map(x=>"ACGT"['0b'+x-0]).join``
}

Це моя перша спроба в гольфі на PPCG, не соромтеся виправити мене, якщо щось не так.

Дякую @AlexA за невелике покращення.

J, 52 байти

 3 :'''ACGT''{~#._2,\#:".,&''x''":(,&:(":"0))/3&u:y'

Використання: 3 :'''ACGT''{~#._2,\#:".,&''x''":(,&:(":"0))/3&u:y' 'codegolf'==>GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA

Лист звичайний (Lispworks), 415 байт

(defun f(s)(labels((p(e f)(concatenate'string e f)))(let((b"")(d""))(dotimes(i(length s))(setf b(p b(write-to-string(char-int(elt s i))))))(setf b(write-to-string(parse-integer b):base 2))(if(oddp #1=(length b))(setf b(p b"0")))(do((j 0(+ j 2)))((= j #1#)d)(let((c(subseq b j(+ j 2))))(cond((#2=string="00"c)(setf d(p d"A")))((#2#"01"c)(setf d(p d"C")))((#2#"10"c)(setf d(p d"G")))((#2#"11"c)(setf d(p d"T")))))))))

неозорений:

(defun f (s)
  (labels ((p (e f)
             (concatenate 'string e f)))
  (let ((b "") (d ""))
    (dotimes (i (length s))
      (setf b
            (p b
               (write-to-string
                (char-int (elt s i))))))
    (setf b (write-to-string (parse-integer b) :base 2))
    (if (oddp #1=(length b))
        (setf b (p b "0")))
      (do ((j 0 (+ j 2)))
          ((= j #1#) d)
        (let ((c (subseq b j (+ j 2))))
          (cond ((#2=string=  "00" c)
                 (setf d (p d "A")))
                ((#2# "01" c)
                 (setf d (p d "C")))
                ((#2# "10" c)
                 (setf d (p d "G")))
                ((#2# "11" c)
                 (setf d (p d "T")))))))))

Використання:

CL-USER 2060 > (f "}")
"TTGG"

CL-USER 2061 > (f "golf")
"TAAAAATTATCCATAAATA"

Perl, 155 148 137 + 1 ( -pпрапор) = 138 байт

#!perl -p
s/./ord$&/sge;while($_){/.$/;$s=$&%2 .$s;$t=$v="";$t.=$v+$_/2|0,$v=$_%2*5
for/./g;s/^0// if$_=$t}$_=$s;s/(.)(.)?/([A,C],[G,T])[$1][$2]/ge

Перевірте це на Ideone .

Perl 6, 57 + 1 ( -pпрапор) = 58 байт

$_=(+[~] .ords).base(2);s:g/..?/{<A G C T>[:2($/.flip)]}/

Покрокове пояснення:

-pпрапор перекладач Perl 6 запускає код за рядком, ставить поточний рядок $_і в кінці повертає його назад з$_ .

.ords- Якщо до періоду нічого немає, викликається метод $_.ordsметод повертає список кодових точок у рядку.

[~]- []це оператор скорочення, який зберігає свого оператора скорочення між дужками. У цьому випадку це ~- оператор конкатенації рядків. Наприклад, [~] 1, 2, 3еквівалентно1 ~ 2 ~ 3 .

+перетворює свій аргумент у число, необхідне, оскільки baseметод визначений лише для цілих чисел.

.base(2) - перетворює ціле число в рядок в базі 2

$_=- присвоює результат $_.

s:g/..?/{...}/- це регулярний вираз, що замінює будь-який ( :g, глобальний режим) екземпляр регулярного вираження..? (один або два символи). Другий аргумент - це модель заміни, яка в даному випадку в коді (в Perl 6 фігурні дужки в рядках і шаблони заміни виконуються як код).

$/ - змінна збігу регулярних виразів

.flip- інвертує рядок. Він неявно перетворює $/(об'єкт збігу з регулярними виразками) у рядок. Це тому, що один символ 1слід розширити на10 , а не01 . Через це фліп, порядок елементів у масиві G та C перетворений.

:2(...) - аналізує рядок base-2 на ціле число.

<A G C T> - масив з чотирьох елементів.

...[...] - оператор доступу до масиву.

Що це означає? Програма отримує перелік усіх точок коду в рядку, об'єднує їх разом, перетворює їх на базу 2. Потім вона замінює всі екземпляри двох або одного символу на одну з літер A, G, C, T залежно від перевернутого подання числа у бінарному.

Хун , 148 138 байт

|*
*
=+
(scan (reel +< |=({a/@ b/tape} (weld <a> b))) dem)
`tape`(flop (turn (rip 1 (mul - +((mod (met 0 -) 2)))) |=(@ (snag +< "ACGT"))))

"abc" - це список атомів. Інтерполюйте їх у рядки ( <a>) під час складання списку, об'єднавши їх у новий рядок. Проаналізуйте число, ++demщоб повернути його до атома.

Помножте число на (порозрядна довжина + 1)% 2, щоб змінити його. Використовуйте ++ripдля того, щоб розібрати кожну дві байтові пари атома на список, скласти карту за списком і використовувати число як індекс у рядку "ACGT".

> =a |*
  *
  =+
  (scan (reel +< |=({a/@ b/tape} (weld <a> b))) dem)
  `tape`(flop (turn (rip 1 (mul - +((mod (met 0 -) 2)))) |=(@ (snag +< "ACGT"))))
> (a "codegolf")
"GGCTTGCGGCCGGAGACGCGGTCTGACGCCTTGTAAATA"
> (a "ppcg")
"GGCTAATTGTCGCACTT"
> (a "}")
"TTGG"