Є два основні механізми:
- сальмонела знаходиться на шкаралупі, і коли яйце розбивається, всередину забруднюється; або
- репродуктивна система курки забруднена і відкладає яйце із забрудненою внутрішньою частиною.
Щоб зменшити дуже поширене (на кілька відсотків) забруднення шкаралупою, яйця, що продаються комерційно, обробляють оболонки (як правило, миють). Після промивання лише приблизно 50 на кожен мільйон яєць все ще буде деяке забруднення шкаралупою. Забруднення шкаралупи могло бути там, коли курка відклала яйце, від калу або в результаті переробки рослин.
У деяких рідкісних випадках поверхневий сальмонел може проникати всередину, не розбиваючи яйцеклітину: якщо він був там, поки кутикула висихала, якщо яйце зберігається при кімнатній температурі або якщо навколишнє середовище вологе.