Як правило, мікроконтролер вважається вбудованим пристроєм, який внутрішньо запрограмований для виконання конкретного завдання. Існує мінімальна взаємодія з користувачем і мало або без гнучкості. Мікроконтролер, як правило, досить низький, лише з невеликою кількістю пам'яті та ПЗУ (спалахом).
І навпаки, система-на-чіпі - це інший кінець спектру. Він більше орієнтований на повну гнучкість та взаємодію з користувачем. Він часто включає такі речі, як драйвери вводу-виводу для більшого обладнання (наприклад, жорсткі диски тощо), і навіть іноді графічний адаптер. Система-на-чіпі більше схожа на повну комп'ютерну систему, так, на чіпі.
Між двома перехрестями існує досить багато - коли він перестає бути мікроконтролером і починає бути системою на чіпі? Звідси випливає багато плутанини.
В основному, якщо він може робити те, що може зробити комп'ютер, це система-на-чіпі. Якщо він орієнтований на, наприклад, сидіння всередині настільного телефону, що керує списком контактів, або в системі введення клавіатури, або працює двигунами на верстаті з ЧПУ, то це мікроконтролер.
ps, не цитуйте мене з цього приводу - оскільки я кажу, що між ними є багато кросовер.