Це може заощадити людей деякий час, тому я відповім тут. Якщо ви не хочете додати binкаталог cygwin до свого шляху (або будь-якого іншого, запропонованого в інших відповідях), ви можете встановити шлях використання програмного едіффа шляхом встановлення змінної ediff-diff-program. Наприклад, ви можете встановити його C:\cygwin\bin(або будь-який фактичний шлях у вашому випадку), якщо використовуєте cygwin. Знадобилося трохи часу, щоб зрозуміти, яку змінну потрібно встановити. Деякі, які НЕ працювали, були: ediff-custom-diff-programі diff-command.
Наприклад:
(setq ediff-diff-program "c:/CYGWIN64/bin/diff.exe")
робить це.