Обмеження пам'яті, яку використовує растровий пакет у R?

Який найпростіший спосіб обмежити пам'ять, яку rasterвикористовує пакет, Rдо 5 Гб оперативної пам’яті?

В ідеалі я хочу, щоб будь-який растр, який перевищує цей розмір, записувався на жорсткий диск і аналізувався з тимчасового файлу.

Я використовую Windows 7 (64Bit) та R версії 3.0.3.

Ось якийсь код, з яким я грав на машині з 16 Гб оперативної пам’яті, але він продовжує максувати, оскільки я маю справу з великими растрами:

require(raster)

memory.limit(size = 5000)
rasterOptions(format="GTiff",overwrite=TRUE,datatype="INT1S",
              tmpdir="C:/Research/BIN",tmptime=1.1,progress="text",chunksize=1000,
              maxmemory=1000)
rasterTmpFile("delete_me_")

r <- raster("myraster.tif")
r[r==0] <- NA

Саме на цьому етапі в сценарії збільшується використання оперативної пам’яті, щоб зайняти всі 16 ГБ, а потім перестає працювати і скасовує функцію.

Що мені тут потрібно змінити?

Вам потрібно прочитати растри в шматках замість усіх відразу. Див. Документацію до растрового пакету , зокрема - Функції запису для великих растрових файлів .