На підставі цього повідомлення в блозі та відповіді на те, як я можу вказати CRS растрового шару в pyqgis? , ви можете досягти того, що ви хочете таким чином:
settings = QSettings()
# Take the "CRS for new layers" config, overwrite it while loading layers and...
oldProjValue = settings.value( "/Projections/defaultBehavior", "prompt", type=str )
settings.setValue( "/Projections/defaultBehavior", "useProject" )
# YOUR CODE TO LOAD THE LAYER GOES HERE
# ... then set the "CRS for new layers" back
settings.setValue( "/Projections/defaultBehavior", oldProjValue )
Примітка. Якщо ви все ще використовуєте QGIS v2.x (BTW, не слід: P), використовуйте замість нього змінну "/ Projections / defaultBehaviour".