Відповіді:
Це слід зробити:
QgsProject.instance().writeEntry(plugin_name, property, value)
Тоді вам просто потрібно зберегти проект.
Читання виконується однією з наступних функцій:
readEntry (plugin_name, property)
readNumEntry (plugin_name, property)
readDoubleEntry (plugin_name, property)
readBoolEntry (plugin_name, property)
Документ: http://qgis.org/api/classQgsProject.html