Я спробую пояснити це найкращим чином, настільки сподіваюся, ви зможете рухатися вперед. Коротка відповідь полягає в тому, що якщо ваш PYTHONPATH вказує на фактичну версію Python, коли продукт завантажується і потрібен Python, він перегляне цей каталог. У випадку ArcGIS Pro (64-бітний, використовуючи Python 3.4) і ArcMap (32-бітний, використовуючи Python 2.7) ... добре використання PYTHONPATH і вказівка на "неправильну" версію Python збирається порушити додаток. (неправильно і перерва ґрунтується на тому, куди ви вказуєте і яке додаток завантажуєте), тобто Ваш рівень системи говорить: "імпортуйте ці модулі для будь-якої / всі версії Python!" це те, що плутає / порушує ArcGIS.
Як використовувати PYTHONPATH пояснює PYTHONPATH краще, ніж я можу.
Питання полягає в тому, навіщо вам потрібен ПІТОНПАТ? Яка програма хоче цього? Якщо ви подивитесь тут, C:\Python27\ArcGIS10.3\Lib\site-packages
ви побачите .pth файли. Вони використовуються у конкретній версії Python для вказівки на необхідні модулі. Чи можете ви використати .PTH для конкретної версії Python, яка вимагала від вас підключити PYTHONPATH для початку?