Зараз я використовую QGIS 2.18, який включає підтримку формату GeoPackage.
Я знаю, що GeoPackage - це як заміна Shapefile, але не зовсім так, оскільки GeoPackage має можливості бази даних. У той же час, GeoPackage не є повноцінною заміною SpatiaLite, оскільки він не має просторових запитів та функцій. Також Spatialite підтримує GeoPackage.
Отже, в контексті редагування QGIS, коли має сенс використовувати GeoPackage (і доступ до GeoPackage з SpatiaLite для просторових завдань SQL), а коли краще використовувати просто просторовий?