Відповіді:
Я не знаю про сумісність з GAE, але ви можете спробувати SymPy для функцій чистої математики та геометрії. В іншому випадку єдиний інший, про який я знаю, - це Shapely, але він має залежність від libgeos_c, яка може дискваліфікувати його, виходячи з ваших вимог.
ОНОВЛЕННЯ: Також SymPy має ліцензію на BSD, що може бути важливою перевагою для деяких розробників.
Я не знаю, чи PY-реалізація Geoscript покладається на зовнішні модулі чи ні! Погляньте: http://geoscript.org/py/index.html
Py2D - чистий пітон без зовнішніх залежностей: https://github.com/sseemayer/Py2D
Я вважаю, що вона має більшість, якщо не всю функціональність Shapely / GEOS. Але є улов. Він призначений для ігрової бібліотеки, тому деякі функції порушуються, коли ви маєте справу з негативними координатами. Якщо ви можете обійти, це чудово.
Більшість дій міститься в модулях, знайдених у каталозі вихідного коду "Math". Я планую його клонувати і оптимізувати для геопросторового використання одного дня.
Я рекомендую використовувати бібліотеку ogr python OSGEO . Не впевнений і про GAE.
Python GIS: http://gispython.org/ Є колекція багатьох інструментів.