Використання пакета data.table всередині мого власного пакету

Я намагаюся використовувати пакет data.table всередині власного пакета. MWE має такий вигляд:

Я створюю функцію test.fun, яка просто створює невеликий об'єкт data.table, а потім підсумовує групування стовпців "Val" за стовпчиком "A". Код такий

test.fun<-function ()
{
    library(data.table)
    testdata<-data.table(A=rep(seq(1,5), 5), Val=rnorm(25))
    setkey(testdata, A)
    res<-testdata[,{list(Ct=length(Val),Total=sum(Val),Avg=mean(Val))},"A"]
    return(res)
}

Коли я створюю цю функцію в звичайному сеансі R, а потім запускаю її, вона працює, як очікувалося.

> res<-test.fun()
data.table 1.8.0  For help type: help("data.table")
> res
     A Ct      Total        Avg
[1,] 1  5 -0.5326444 -0.1065289
[2,] 2  5 -4.0832062 -0.8166412
[3,] 3  5  0.9458251  0.1891650
[4,] 4  5  2.0474791  0.4094958
[5,] 5  5  2.3609443  0.4721889

Коли я поміщаю цю функцію в пакет, встановлюю пакет, завантажую пакет, а потім запускаю функцію, я отримую повідомлення про помилку.

> library(testpackage)
> res<-test.fun()
data.table 1.8.0  For help type: help("data.table")
Error in `[.data.frame`(x, i, j) : object 'Val' not found

Хто-небудь може пояснити мені, чому це відбувається, і що я можу зробити, щоб це виправити. Будь-яка допомога дуже вдячна.

Припущення Андрі правильне, +1. У ньому є FAQ (див. vignette("datatable-faq")), А також нова віньєтка щодо імпорту data.table:

Поширені запитання 6.9: Я створив пакет, який залежить від data.table. Як я можу переконатися, що мій пакет відповідає data.table, щоб успадкування від data.frame працювало?

Або i) включити data.tableв Depends:поле вашого файлу DESCRIPTION, або ii) включити data.tableв Imports:поле вашого файла DESCRIPTION І import(data.table)у ваш файл NAMESPACE.

Подальший фон ... у верхній частині [.data.table(та інших data.tableфункцій) ви побачите перемикач залежно від результату дзвінка cedta(). Це означає "Таблиця даних про виклик середовища". Набір тексту data.table:::cedtaпоказує, як це робиться. Він покладається на викличний пакет, що має простір імен, і, що Імпорт або Залежність простору імен data.table. Це, як data.tableможе бути передано не- data.table-залежні пакети (такі як функції в base) і ці пакети можуть використовувати абсолютно стандартний [.data.frameсинтаксис на data.tableблаженному невіданні , що data.frame is()а data.table, теж.

Це також те, чому data.tableнаслідування раніше не було сумісним з пакетами без простору імен, і чому за запитом користувача ми повинні були просити авторів таких пакетів додати простір імен до свого пакету, щоб бути сумісним. На щастя, тепер, коли R додає простір імен за замовчуванням для пакунків, яких немає (з v2.14.0), ця проблема зникла:

ЗМІНИ У ВАРІАНТІ 2.14.0
* Усі пакети повинні мати простір імен, і один створюється під час встановлення, якщо не надається у джерелах.

Ось повний рецепт:

1. Додайте data.tableдо Importsу свій DESCRIPTIONфайл.

2. Додайте @import data.tableдо відповідного .R-файлу (тобто .R-файлу, в якому розміщена ваша функція, яка видає помилку Error in [.data.frame(x, i, j) : object 'Val' not found).

3. Введіть library(devtools)і встановіть свій робочий каталог таким чином, щоб він вказував на основний каталог вашого пакета R.

4. Тип document(). Це забезпечить наявність у вашому NAMESPACEфайлі import(data.table)рядка.

5. Тип build()

6. Тип install()

Приємний підручник щодо того, що build()і як install()робити, див. На веб-сайті: http://kbroman.org/pkg_primer/ .

Потім, як тільки ви закриєте сеанс R та ввійдете в систему наступного разу, ви зможете негайно перейти безпосередньо за допомогою:

1. Тип library("my_R_package")

2. Введіть ім'я вашої функції, яка зберігається у згаданому вище файлі .R.

3. Насолоджуйтесь! Ви більше не повинні отримувати страшнихError in [.data.frame(x, i, j) : object 'Val' not found