Здається, тут відсутня відповідь для тих, хто використовує SSH для підключення до своєї бази даних MySQL. Потрібно перевірити два місця не 1, як пропонують інші відповіді:
Правка робочого столу → Налаштування → Редактор SQL → СУБД
Правка верстака → Налаштування → SSH → Часи очікування
Мої тайм-аути SSH за замовчуванням були встановлені дуже низько і спричиняли деякі (але, мабуть, не всі) проблеми з моїм тайм-аутом. Після цього не забудьте перезапустити MySQL Workbench!
Нарешті, можливо, варто звернутися до вашого адміністратора БД та попросити його збільшити властивості wait_timeout & interactive_timeout в самому mysql через перезапуск my.conf + mysql або зробити глобальний набір, якщо перезапуск mysql не є варіантом.
Сподіваюсь, це допомагає!
DBMS connection read time out
Поле приймає тільки до 5 цифр, і установки поля до 0 еквівалентний параметра за замовчуванням (600 секунд). (Windows 7 64-бітний Ultimate, MySQL Workbench 5.2.47 н.е.)