Для створення стандартного сценарію "налаштування" вам потрібен GNU autoconf. Можливо, вам знадобляться GNU automake та libtool.
Існує маса документації та інструкцій. Google щось на зразок "autoconf automake howto". Хороша документація знаходиться на офіційних сторінках керівництва:
Autoconf створить ваш сценарій налаштування, починаючи з файлу "configure.ac". Файл "Makefile.am" дасть інструкцію automake про те, як створити ваш файл файлів за допомогою рядка налаштування. Libtool потрібен для спрощення обробки бібліотек навколо вашого коду.
Ви можете почати створювати файл configure.ac вручну або скористатися помічником "автосканування", який допоможе вам створити щось напівавтоматичне для вас.
Потім, коли ви будете готові, цей зробить магію:
autoreconf -i