Як вибрати дзеркало CRAN в R

Я намагаюся встановити пакет через R-запит, виконуючи наступні дії:

install.packages('RMySQL')

Але вихід такий:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

І більше нічого! Я не можу знайти вирішення цієї самої основної проблеми. Що я повинен ввести, щоб вибрати дзеркало CRAN?

Редагувати:

ОС: Mac-OS X 10.6.8 R Версія: 2.15.0

Вам слід отримати вікно зі списком сховищ або текстове меню з деякими параметрами. Але якщо це не відображається, ви завжди можете вказати дзеркало, звідки самостійно завантажити пакунки, використовуючи reposпараметр. Роблячи це, R більше не розпитуватиме вас про сховище. Приклад:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Тут у вас є список дзеркал для Р.

Ось що я роблю, в основному прямо зі example(Startup)сторінки:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

що в ~/.Rprofile.

Редагувати: Як і зараз 2018 рік, ми можемо додати, що протягом останніх кількох років URL "https://cloud.r-project.org"був кращим, оскільки він відображає а) https-доступ та б) CDN "завжди поруч з вами".

Я фанат:

chooseCRANmirror()

Яке надрукує список дзеркал у висновку (не хвилюючись спливаючого вікна, оскільки ви запускаєте його з терміналу), а потім введете потрібне число.

Я використовую рішення ~ / .Rprofile, запропоноване Дірком, але я просто хотів це зазначити

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

здається, розумною справою робити замість цього

chooseCRANmirror(81)

, що може спрацювати, але яке передбачає магічне число 81 (або, можливо, це тонкий спосіб сприяти туризму до 81 = Великобританія (Бристоль) :-))

Екран вибору сховища не може бути показаний у вашій системі (OS X), оскільки OS X більше не включає X11. R намагається показати вам підказку через X11. Встановіть X11 з http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Потім запустіть команду встановлення. Буде показано запит на вибір репо.

Якщо вам потрібно встановити дзеркало неінтерактивним способом (наприклад, встановити rbundler в сценарії розгортання), ви можете зробити це таким чином:

Перший запуск вручну:

chooseCRANmirror()

Виберіть номер дзеркала, який найкраще підходить вам, і запам'ятайте його. Потім для автоматизації вибору:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Де 87 - номер дзеркала, яке ви хочете використовувати. Цей фрагмент також встановлює rbundle для вас. Ви можете пропустити це, якщо хочете.

я використав

chooseCRANmirror(81)

він дає вам підказ про вибір країни. Потім ви можете зробити вибір, ввівши вказаний там код дзеркала країни.

Спливаюче меню повинно з’являтися для вибору (або ви отримаєте купу номерів на вибір), використовуєте ви R в терміналі або IDE, наприклад, RStudio. Це підтримується в Windows, Mac OS та більшості систем Linux. Однак може знадобитися додаткова конфігурація або залежності, такі як X-windows.

Щоб увімкнути X-windows під час віддаленого доступу, використовуйте такі -XYпрапори:

ssh -XY username@server.domain

Часто є репо за замовчуванням, але це можна вказати, якщо у вас є якісь проблеми, наприклад, запущені сценарії або Rmarkdown / Knr. Ви можете використовувати repoоптичне дзеркало або сховище для CRAN щоразу, коли ви встановлюєте:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Для швидшого завантаження бажано використовувати найближче дзеркало до вашого місцезнаходження. Наприклад:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Ви також можете встановити reposпараметр у своєму сеансі, тому вам потрібно лише один раз за інтерактивний сеанс (або сценарій). Ви можете перевірити, чи reposналаштовано:

options(repos)

Якщо ви отримаєте, "Error in options(repos) : object 'repos' not found"ви можете встановити параметр сховища. Наприклад:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Тоді слід працювати над встановленням пакетів, як зазвичай. Наприклад:

install.packages("RMySQL")

Як зазначають інші, ви можете налаштувати сховище у вашому .Rprofileфайлі та мати цю роботу у всіх своїх сценаріях. Ви вирішите, чи віддасте перевагу цим "глобальним" параметрам у вашій системі чи "локальним" варіантам у сеансі чи сценарії. Ці "локальні" параметри потребують більше часу для використання кожного сеансу, але мають перевагу дозволити іншим користуватися вашими сценаріями, якщо у вас немає вашого .Rprofile.

У macOS у мене було саме те, що ви говорите: "Будь ласка, виберіть", а потім більше нічого.

Після того, як я відкрив (і оновив; не знаю, чи це було актуально) X-Quartz, а потім перезапустив R і спробував ще раз, я отримав список дзеркал X-вікна, на який можна вибрати кілька секунд. Це було швидше втретє вперед.

Ви також можете відключити всі графічні меню, запустивши це або помістивши його у свій Rprofile

options(menu.graphics = FALSE)

Додати в ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})