Користувачі R експертів, що у вашому .Rprofile? [зачинено]

Я завжди знаходив файли профілів для запуску інших людей як корисних, так і повчальних щодо мови. Більше того, хоча я маю певні налаштування для Bash і Vim , у мене нічого немає для R.

Наприклад, одне, що мені завжди хотілося, - це різні кольори для введення та виводу тексту у віконному терміналі, а можливо, навіть підсвічування синтаксису.

Ось моя. Це не допоможе вам із фарбуванням, але я отримую це від ESS та Emacs ...

options("width"=160)                # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3)            # show sub-second time stamps

r <- getOption("repos")             # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)

## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
        function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8, 
                                             xpos=0, pointsize=10, 
                                             #type="nbcairo"))  # Cairo device
                                             #type="cairo"))    # other Cairo dev
                                             type="xlib"))      # old default

## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)


options("pdfviewer"="okular")         # on Linux, use okular as the pdf viewer

options(stringsAsFactors=FALSE)

Хоча насправді цього немає в моєму .Rprofile, оскільки це може порушити код моїх співавторів, я б хотів, щоб це було за замовчуванням. Чому?

1) символи-вектори використовують менше пам'яті (але лише ледь);

2) Що ще важливіше, ми б уникали таких проблем, як:

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"

і

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
  invalid factor level, NAs generated

Фактори чудові, коли вони вам потрібні (наприклад, здійснення замовлень у графіках), але неприємність більшу частину часу.

Я ненавиджу вводити повні слова "голова", "резюме", "імена" кожен раз, тому я використовую псевдоніми.

Ви можете помістити псевдоніми у свій .Rprofile файл, але вам доведеться використовувати повний шлях до функції (наприклад, utils :: head), інакше він не працюватиме.

# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names

EDIT: щоб відповісти на ваше запитання, ви можете використовувати colorout пакет , щоб мати різні кольори в терміналі. Класно! :-)

Ось моя. Я завжди використовую основний сховище cran і маю код, щоб полегшити джерело коду пакета в розробці.

.First <- function() {
    library(graphics)
    options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
    options("device" = "quartz")
}

packages <- list(
  "describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
  "linval" = "~/ggobi/linval", 

  "ggplot2" =  "~/documents/ggplot/ggplot",
  "qtpaint" =  "~/documents/cranvas/qtpaint", 
  "tourr" =    "~/documents/tour/tourr", 
  "tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui", 
  "prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)

l <- function(pkg) {
  pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
  if (is.null(packages[[pkg]])) {
    path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
  } else {
    path <- packages[pkg]
  }

  source(file.path(path, "load.r"))  
}

test <- function(path) {
  path <- deparse(substitute(path))
  source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))  
}

Мені подобається зберігати історію команд R і мати її доступною щоразу, коли я запускаю R:

В оболонці або .bashrc:

export R_HISTFILE=~/.Rhistory

в .Rprofile:

.Last <- function() {
        if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
                require(utils)
                try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
        }
}

Ось дві функції, які мені зручні для роботи з Windows.

Перший перетворює \s в /.

.repath <- function() {
   cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
   x <- scan(what = "")
   xa <- gsub('\\\\', '/', x)
   writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
   cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
 }

Друге відкриває робочий каталог у новому вікні провідника.

getw <- function() {
    suppressWarnings(shell(paste("explorer",  gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}

У мене є такий, більш динамічний трюк, щоб використовувати повну ширину терміналу, який намагається читати з змінної середовища COLUMNS (в Linux):

tryCatch(
  {options(
      width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
  error = function(err) {
    write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
           .bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
           stderr());
    options(width=120)}
)

Таким чином R буде використовувати повну ширину навіть під час зміни розміру вікна вашого терміналу.

Більшість моїх особистих функцій та завантажених бібліотек знаходяться в сценарії Rfunctions.r

source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")


.First <- function(){
   cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")

  }

  .Last <- function(){
   cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")

  }


#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
  install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)

options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)

library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")

plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')

Ось з мого ~ / .Rprofile , призначеного для Mac та Linux.

Вони полегшують бачення помилок.

options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)

Я ненавиджу вибір меню CRAN, тому налаштований на хороший.

options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))

Більше історії!

Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')

Далі йдеться про запуск Mac OSX з терміналу (що я дуже віддаю перевагу R.app, оскільки він більш стабільний, і ви можете організувати свою роботу за каталогом; також переконайтеся, що ви отримаєте хороший ~ / .inputrc ). За замовчуванням ви отримуєте дисплей X11, який виглядає не так добре; це замість цього дає кварцовий дисплей, такий же, як GUI. ifОператор повинен зловити той випадок , коли ви використовуєте R від терміналу на Mac.

f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
  # http://www.rforge.net/CarbonEL/
  library("grDevices")
  library("CarbonEL")
  options(device='quartz')
  Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)

І попередньо завантажте кілька бібліотек,

library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
  source("~/util.r")
}

де util.r - випадковий мішок речей, який я використовую, під флюсом.

Крім того, оскільки інші люди згадували ширину консолі, ось як я це роблю.

if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
  numcol = as.integer(numcol)
  options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
  # mac specific?  probably bad in the R GUI too.
  numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
  if (numcol > 0)
    options(width=  numcol - 1 )
}
rm(numcol)

Це насправді не в .Rprofileтому, що вам доведеться повторно запускати його щоразу, коли ви змінюєте розмір вікна терміналу. У мене це є, util.rтоді я просто джерело, як потрібно.

Ось мої:

.First <- function () {
  options(device="quartz")
}

.Last <- function () {
  if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
    require(utils)
    try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
  }
}

# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
  if (class(a) != "character")
    return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
  else
    return (as.Date(a))
}

# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)

# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")

# Search RPATH for file <fn>.  If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
     paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
                switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
  for(d in paths)
     if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
        return(f)
  return(NULL)
}

# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
  Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}

# Load commonly used functions
if (interactive())
  source(search.path("afazio.r"))

# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
  Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}

# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
  quit(save=save, ...)
}

# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions.  An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets")  # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload()             # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered

# My current environment
.curr.env = NULL

# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")

# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")

# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
  dir.create(.parent.env.dir)

load.env <- function (string, save=TRUE) {
  # Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
  cd(file.path(.parent.env.dir, string))
  for (file in lss()) {
    if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
      source(file)
  }
  .curr.env <<- string
  # Save current environment name to file
  if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
  # Let user know environment switch was successful
  print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}

# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
  if (!is.null(.curr.env))
    load.env(.curr.env, save=FALSE)
  else
    print (" -- not in environment -- ")
}

# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
  load.env(readLines(.last.env.file))
}

sink(file = 'R.log', split=T)

options(scipen=5)

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head =     TRUE, n = 10) {
  # based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
  # modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to-    manage-the-available-memory-in-an-r-session) 
  # I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
  # a data frame of the objects and their associated storage needs.
  napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
          fn(get(x, pos = pos)))
  names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
  obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
  obj.mode <- napply(names, mode)
  obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
  obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
  obj.dim <- t(napply(names, function(x)
            as.numeric(dim(x))[1:2]))
  vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
  obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
  out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
  names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
  out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
  if (head)
    out <- head(out, n)
  out
}

Зробіть так, щоб дані.frames відображалися приблизно як "head", тільки без введення "head"

print.data.frame <- function(df) {
   if (nrow(df) > 10) {
      base::print.data.frame(head(df, 5))
      cat("----\n")
      base::print.data.frame(tail(df, 5))
   } else {
      base::print.data.frame(df)
   }
}

(З розділу Як зробити «голову» автоматично застосованою до виводу? )

У мене часто є ланцюг налагоджувальних дзвінків, які мені потрібно зателефонувати, і їх коментування може бути дуже нудним. За допомогою спільноти SO я перейшов до наступного рішення і вставив це у своє.Rprofile.site . # BROWSERЧи є у мене завдання "Затемнення", щоб я мав огляд викликів браузера у вікні Перегляд завдань.

# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended

Шахта не надто вигадлива:

# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))

#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }

#For tikzDevice caching 
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )

setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)

Я багато працюю з баз даних mysql, тому підключення відразу є знахідкою. Мені б хотілося, щоб існував спосіб перерахування наявних баз даних, тому мені не доведеться пам'ятати всі різні імена.

Повідомлення Стівена Тернера в .Rprofiles має кілька корисних псевдонімів та функцій стартера.

Я знаходжу себе часто, використовуючи його ht та hh.

#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))

# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]

Ось моя, включаючи деякі згадані ідеї.

Дві речі, які ви можете подивитися:

• .set.width () / w () оновіть свою ширину друку на одну з терміналів. На жаль, я не знайшов способу зробити це автоматично під час зміни розміру терміналу - R документація згадує, що це робиться деякими R-перекладачами.
• історія зберігається кожен раз разом із часовою позначкою та робочим каталогом

.

.set.width <- function() {
  cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
  if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
    options(width=100)
  options(width=cols)
}

.First <- function() {
  options(digits.secs=3)              # show sub-second time stamps
  options(max.print=1000)             # do not print more than 1000 lines
  options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
  options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}

# aliases
w <- .set.width

.Last <- function() {
  if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
    timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
    try(savehistory("~/.Rhistory"))
   }
}

Я використовую наступне, щоб отримати cacheSweave (або pgfSweave) для роботи з кнопкою "Compile PDF" в RStudio:

library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")

Шахта включає в себе , options(menu.graphics=FALSE)тому що мені подобається відключити / пригнічують tcltk спливаюче вікно для вибору дзеркала CRAN в R .

Ось моя. Нічого занадто інноваційного. Думки про те, чому саме вибір:

• Я пішов із встановленням за замовчуванням для stringsAsFactors тому що мені здається, що це надзвичайно змушує передавати це як аргумент кожного разу, коли я читаю CSV дюйм. Це сказав, що це вже викликало у мене незначну неприємність при використанні коду, написаного на моєму звичайному комп'ютері на комп'ютері, який не було мого .Rprofile. Я зберігаю це, однак, оскільки неприємності, які він спричинив, стали блідішими порівняно з неприємностями, які не встановлювали щодня.
• Якщо ви раніше не завантажуєте utilsпакунок options(error=recover), він не може відновити, помістивши його всерединуinteractive() блоку.
• Я використовував .dbдля мого налаштування Dropbox, а не options(dropbox=...)тому, що я використовую його весь час всередині, file.pathі це значно економить набравши текст. Ведучий .утримує його від появи ls().

Без зайвого галасу:

if(interactive()) {
    options(stringsAsFactors=FALSE)
    options(max.print=50)
    options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}

.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()

.First <- function() {
    if(interactive()) {
        require(functional)
        require(taRifx)
        require(taRifx.geo)
        require(ggplot2)
        require(foreign)
        require(R.utils)
        require(stringr)
        require(reshape2)
        require(devtools)
        require(codetools)
        require(testthat)
        require(utils)
        options(error=recover)
    }
}

Ось невеликий фрагмент для використання експорту таблиць у LaTeX . Він змінює всі назви стовпців на математичний режим для багатьох написаних звітів. Решта мого .Rprofile досить стандартна і в основному висвітлена вище.

# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$

amscols<-function(x){
    colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
    x
}

Я встановив тему кольорових решіток у своєму профілі. Ось два інших налаштування, які я використовую:

# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir)   {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")

# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)

У мене є змінна середовище R_USER_WORKSPACE, яка вказує на верхню директорію моїх пакунків. У .Rprofile я визначаю функцію devlib, яка встановлює робочий каталог (таким чином, що дані () працюють) та джерела всіх .R-файлів у підкаталозі R. Він досить схожий на функцію l () Хадлі вище.

devlib <- function(pkg) {
  setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
  sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
  invisible(NULL)
}

.First <- function() {
  setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
  options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}

.Last <- function() update.packages(ask="graphics")

Я знайшов дві функції, дійсно необхідні: По-перше, коли я встановив debug()кілька функцій і вирішив помилку, тому хочу, щоб undebug()усі функції - не одна за одною. undebug_all()Функція додана в загальноприйнятому відповідь тут краще.

По-друге, коли я визначив багато функцій і шукаю конкретну назву змінної, важко знайти її у всіх результатах ls(), включаючи назви функцій. lsnofun()Функція розміщена тут дійсно добре.