Я знайшов дуже гарну тему в мережі, яка пояснює різницю дуже просто: http://www.thestudentroom.co.uk/showthread.php?t=232168 .
Алгоритм Крускала виростить рішення з найдешевшого краю, додавши наступний найдешевший край за умови, що він не створює цикл.
Алгоритм Прима виростить рішення з випадкової вершини, додавши наступну найдешевшу вершину, вершину, яка наразі не знаходиться в рішенні, але пов'язана з нею найдешевшим краєм.
Тут додається цікавий аркуш на цю тему.
Якщо ви реалізуєте як Kruskal, так і Prim, в їх оптимальній формі: при знаходженні об'єднання і купі фінбоначок відповідно, ви відзначите, як Kruskal легко реалізувати порівняно з Prim.
Prim важче з групою філів, головним чином тому, що вам потрібно вести таблицю обліку для запису двонаправленого зв’язку між вузлами графіків і купами вузлів. З Union Union - це навпаки, структура проста і може навіть створювати безпосередньо mst майже без додаткових витрат.