Незважаючи на те, що це правильне використання git rm [FILE], ви можете зробити це git add -u.
Відповідно до git-addдокументації:
-u - оновлення
Оновіть індекс саме там, де він вже має відповідність запису [FILE]. Це видаляє, а також змінює записи індексу, щоб відповідати робочому дереву, але не додає нових файлів.
Якщо при використанні параметра -u не вказано [FILE], усі відстежувані файли у всьому робочому дереві оновлюються (старі версії Git використовуються для обмеження оновлення до поточного каталогу та його підкаталогів).
Після цього індекс буде оновлений і файли будуть належним чином інсценовані.