Гістограма з логарифмічною шкалою та спеціальними розривами

Я намагаюся сформувати гістограму в R з логарифмічною шкалою для y. В даний час я роблю:

hist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25))

Це дає мені гістограму, але щільність від 0 до 1 настільки велика (різниця приблизно в мільйон значень), що ви навряд чи зможете розрізнити будь-яку іншу смужку.

Тоді я спробував зробити:

mydata_hist <- hist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25), plot=FALSE)
plot(rpd_hist$counts, log="xy", pch=20, col="blue")

Це дає мені сорти, що я хочу, але знизу показує мені значення 1-6, а не 0, 1, 2, 3, 4, 5, 25. Це також відображає дані як точки, а не бари. barplotпрацює, але тоді я не отримую жодної нижньої осі.

Гістограма - це оцінка щільності бідної людини. Зверніть увагу, що у вашому дзвінку до hist()використання аргументів за замовчуванням ви отримуєте частоти, а не ймовірності - додайте ,prob=TRUEдо виклику, якщо хочете ймовірності.

Що стосується проблеми з віссю журналу, не використовуйте 'x', якщо ви не хочете, щоб вісь x трансформувалася:

plot(mydata_hist$count, log="y", type='h', lwd=10, lend=2)

отримує вам стовпчики за шкалою реєстрації - зовнішній вигляд все ще трохи відрізняється, але, можливо, його можна змінити.

Нарешті, ви також можете зробити, hist(log(x), ...) щоб отримати гістограму журналу ваших даних.

Іншим варіантом буде використання пакету ggplot2.

ggplot(mydata, aes(x = V3)) + geom_histogram() + scale_x_log10()

З вашого запитання не зовсім зрозуміло, чи потрібна вам зареєстрована вісь x чи зафіксована вісь y. Зафіксована вісь y не є гарною ідеєю при використанні стовпчиків, оскільки вони закріплені на нулі, що при реєстрації стає негативною нескінченністю. Ви можете вирішити цю проблему, використовуючи багатокутник частоти або графік щільності.

Відповідь Дірка - чудова. Якщо ви хочете виглядати на зразок того, що histстворює, ви також можете спробувати це:

buckets <- c(0,1,2,3,4,5,25)
mydata_hist <- hist(mydata$V3, breaks=buckets, plot=FALSE)
bp <- barplot(mydata_hist$count, log="y", col="white", names.arg=buckets)
text(bp, mydata_hist$counts, labels=mydata_hist$counts, pos=1)

Останній рядок не є обов’язковим, він додає мітки значень безпосередньо вгорі кожного рядка. Це може бути корисно для графіків масштабу журналу, але також може бути опущено.

Я також пройти main, xlabі ylabпараметри , щоб забезпечити назву ділянки, підпис осі Х, і мітку у-осі.

Запустіть функцію hist (), не створюючи графік, перетворіть журнал підрахунку, а потім намалюйте рисунок.

hist.data = hist(my.data, plot=F)
hist.data$counts = log(hist.data$counts, 2)
plot(hist.data)

Вона повинна виглядати так само, як звичайна гістограма, але вісь y буде log2 Частота.

Я склав функцію, яка поводиться ідентично hist в типовому випадку, але приймає аргумент log. Він використовує кілька прийомів з інших плакатів, але додає кілька своїх. hist(x)і myhist(x)виглядають однаково.

Вихідна проблема була б вирішена за допомогою:

myhist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25), log="xy")

Функція:

myhist <- function(x, ..., breaks="Sturges",
                   main = paste("Histogram of", xname),
                   xlab = xname,
                   ylab = "Frequency") {
  xname = paste(deparse(substitute(x), 500), collapse="\n")
  h = hist(x, breaks=breaks, plot=FALSE)
  plot(h$breaks, c(NA,h$counts), type='S', main=main,
       xlab=xlab, ylab=ylab, axes=FALSE, ...)
  axis(1)
  axis(2)
  lines(h$breaks, c(h$counts,NA), type='s')
  lines(h$breaks, c(NA,h$counts), type='h')
  lines(h$breaks, c(h$counts,NA), type='h')
  lines(h$breaks, rep(0,length(h$breaks)), type='S')
  invisible(h)
}

Вправа для читача: На жаль, не все, що працює з історією, працює з myhist, як воно є. Однак це слід виправити трохи більше зусиль.

Ось гарне рішення ggplot2:

library(ggplot2)
library(scales)  # makes pretty labels on the x-axis

breaks=c(0,1,2,3,4,5,25)

ggplot(mydata,aes(x = V3)) + 
  geom_histogram(breaks = log10(breaks)) + 
  scale_x_log10(
    breaks = breaks,
    labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
  )

Зверніть увагу, що для встановлення розривів у geom_histogram їх потрібно було перетворити на роботу з scale_x_log10