Помилка plot.new (): надмірна межа фігури в R

Я новачок у R, але я створив численні графіки кореляції з меншими наборами даних. Однак, коли я намагаюся побудувати великий набір даних (2gb +), я можу створити сюжет просто чудово, але легенда не відображається. Будь-яка порада? чи альтернативи?

library(gplots)
r.cor <- cor(r)
layout(matrix(c(1,1,1,1,1,1,1,1,2,2), 5, 2, byrow = TRUE))
par(oma=c(5,7,1,1))
cx <- rev(colorpanel(25,"yellow","black","blue"))
leg <- seq(min(r.cor,na.rm=T),max(r.cor,na.rm=T),length=10)
image(r.cor,main="Correlation plot Normal/Tumor data",axes=F,col=cx)
axis(1, at=seq(0,1,length=ncol(r.cor)), labels=dimnames(r.cor)[[2]], 
    cex.axis=0.9,las=2)
axis(2,at=seq(0,1,length=ncol(r.cor)), labels=dimnames(r.cor)[[2]],
     cex.axis=0.9,las=2)
image(as.matrix(leg),col=cx,axes=T)     

Помилка plot.new(): надмірна межа фігури

tmp <- round(leg,2)
axis(1,at=seq(0,1,length=length(leg)), labels=tmp,cex.axis=1)

Я підозрюю, що проблема в тому, що маленька область фігури 2, створена вашим layout()викликом, недостатньо велика, щоб містити лише маржі за замовчуванням, не кажучи вже про графік.

Перед рядком, що викликає проблему, спробуйте:

par(mar = rep(2, 4))

потім побудуйте друге зображення

image(as.matrix(leg),col=cx,axes=T)

Вам потрібно буде пограти з розміром націнки на par()дзвінок, який я показую, щоб отримати це право. Вам також може знадобитися збільшити розмір фактичного пристрою, на якому ви плануєте.

Остаточний підказок, збережіть за par()замовчуванням, перш ніж змінювати їх, тому змініть існуючий par()дзвінок на:

op <- par(oma=c(5,7,1,1))

то в кінці складання плану зробити

par(op)

Ця помилка може виникнути в Rstudio просто тому, що панель "Сюжети" ледве занадто мала. Спробуйте збільшити масштаб "Файлів, сюжетів, пакунків, довідки, переглядача" і подивіться, чи це допомагає!

Якщо ви отримаєте це повідомлення в RStudio, натисніть на фігуру "мітла" "Очистити всі ділянки" на вкладці Сюжети і спробу plot () знову може працювати.

Іноді це трапляється в RStudio. Щоб вирішити це, ви можете спробувати побудувати графік на зовнішньому вікні (лише для Windows):

windows() ## create window to plot your file
## ... your plotting code here ...
dev.off() 

Я отримав цю помилку в R Studio, і її просто виправили, зробивши бічну панель більшою, натиснувши та перетягнувши її край праворуч наліво.

Перевірте, чи об’єктом є список чи вектор. Для цього введіть is.list(yourobject). Якщо це правда, спробуйте перейменувати її x<-unlist(yourobject). Це перетворить його у вектор, який ви зможете побудувати.

Просто використовуйте масштаб цієї області, якщо ви використовуєте RStudio.

Я знайшов цю помилку сьогодні. Спочатку я намагався вивести його у .jpegфайл із низькою шириною та висотою.

jpeg("method1_test.jpg", width=900, height=900, res=40)

Пізніше я збільшив ширину і висоту до:

jpeg("method1_test.jpg", width=1900, height=1900, res=40)

Помилки не було. :)

Ви також можете грати з роздільною здатністю, якщо роздільна здатність велика, вам потрібно більше ширини і висоти.

У мене була ця помилка, коли я намагався побудувати дані високих розмірів. Якщо це відбувається з вами, спробуйте багатовимірне масштабування: http://www.statmethods.net/advstats/mds.html

Я боровся з цією помилкою тижнями (використовуючи RStudio). Я спробував перемістити вікно сюжету на більші та менші розміри, але це не завжди допомагало. Коли я перемістив (перетягнув) додаток на мій більший монітор, проблема зникла! Я був приголомшений ... стільки витрачених годин ... Я знав, що код правильний ...

Полотно RStudio Plots обмежує ширину ділянки та висоту. Однак якщо ви зробите свій сюжет із шматка коду Rmarkdown , він працює без обмеження поля полотна, оскільки ділянка графіки задається відповідно до розміру паперу.

Наприклад:

    ```{r}
#inside of code chunk in Rmarkdown
        grid <- par(mfrow=c(4, 5))
        plot(faithful, main="Faithful eruptions")
        plot(large.islands, main="Islands", ylab="Area")
        ...
        par(grid)
    ```

Я знайшов ту саму помилку і сьогодні. Я спробував кнопку "Очистити всі сюжети", але це дало мені таку ж помилку. Тоді ця хитрість спрацювала для мене. Спробуйте збільшити площу ділянки шляхом перетягування. Це допоможе вам точно.

Я просто використовую Очистити всі сюжети, потім знову даю команду сюжету, і це було корисно

Якщо маржа низька, то завжди краще починати з нового пристрою побудови графіку:

dev.new()
# plot()
# save your plot
dev.off()

Ви ніколи не отримаєте похибку маржі, якщо тільки не побудуєте щось велике, яке неможливо прийняти.