R команда для встановлення робочого каталогу на розташування вихідного файлу в Rstudio

Я опрацьовую кілька навчальних посібників у Р. Кожен код R міститься у певній папці. Там є файли даних та інші файли. Я хочу відкрити .rфайл і джерело його таким, що мені не доведеться змінювати робочу директорію в Rstudio, як показано нижче:

Чи є спосіб вказати мій робочий каталог автоматично в Р.

Щоб отримати місце розташування скрипту, ви можете використовувати utils::getSrcDirectoryабо utils::getSrcFilename. Отже, змінити робочий каталог на поточний файл можна за допомогою:

setwd(getSrcDirectory()[1])

Це не працює в RStudio, якщо ви запускаєте код, а не джерело . Для цього вам потрібно скористатися rstudioapi::getActiveDocumentContext.

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

Це друге рішення вимагає, звичайно, ви використовуєте RStudio як IDE.

Я знаю, що це питання застаріло, але я шукав рішення і для цього, і Google перераховує це в самому верху:

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)

помістіть це десь у файл (найкраще, хоча б це було початком), щоб wd змінився відповідно до цього файлу.

Відповідно до коментарів, це може не обов'язково працювати на будь-якій платформі (Windows, здається, працює, для деяких Linux / Mac). Майте на увазі, що це рішення призначено для "пошуку" файлів, не обов'язково для запуску фрагментів у цьому файлі.

див. також отримання імені файлу та шлях до файлу `source`d

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

працює для мене, але якщо ви не хочете користуватися rstudioapi і не перебуваєте в проекті, ви можете використовувати символ ~ на своєму шляху. Символ ~ посилається на робочу директорію RStudio за замовчуванням (принаймні в Windows).

Якщо ваш робочий каталог RStudio "D: / Документи", setwd("~/proyect1")такий же, як і setwd ("D: / Документи / proyect1").

Після цього ви можете перейти до підкаталогу: read.csv("DATA/mydata.csv") . Це те саме, що read.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv").

Якщо ви хочете перейти до батьківської папки, ви можете використовувати "../" . Наприклад: read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv")що таке самеread.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")

Це найкращий спосіб для кодування скриптів, незалежно від того, яким комп’ютером ви користуєтесь.

Ця відповідь може допомогти:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

Примітка. Сценарій повинен бути отриманий, щоб повернути правильний шлях

Я знайшов це в: https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory-

Відповідь BumbleBee (з батьківською рамкою замість sys.frame) не працювала для мене, я завжди отримую помилку.

Для rstudio ви можете автоматично встановити робочий каталог у каталог сценаріїв, використовуючи rstudioapi таким чином:

library(rstudioapi)

# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path 
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )

Це працює під час запуску або джерела файлу.

Потрібно спочатку встановити пакет rstudioapi. Зверніть увагу: я друкую шлях, щоб бути на 100% впевненим, що я в потрібному місці, але це необов'язково.

Рішення

dirname(parent.frame(2)$ofile)

не працює для мене.

Я використовую алгоритм грубої сили, але працює:

File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)

Простіше при пошуку в каталозі:

Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])

Якщо ви працюєте в Linux, ви можете спробувати це:

setwd(system("pwd", intern = T) )

Це працює для мене.

Я просто шукав рішення цієї проблеми, зайшов на цю сторінку. Я знаю його датовані, але попередні рішення, де для мене незадовільні або не працювали. Ось моя робота навколо, якщо цікавить.

filename = "your_file.R"
filepath = file.choose()  # browse and select your_file.R in the window
dir = substr(filepath, 1, nchar(filepath)-nchar(filename))
setwd(dir)

Я усвідомлюю, що це стара тема, але у мене була схожа проблема з необхідністю встановити робочий каталог, і я не зміг отримати жодне з рішень для мене. Ось що робилося, якщо хтось інший натрапить на це згодом:

# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)

Це трохи перекручено, але в основному для цього використовується системні команди, щоб отримати робочий каталог і зберегти його в dummyfile.txt, тоді R зчитує цей файл, використовуючи data.table :: fread. Решта - це лише очищення того, що було надруковано у файл, щоб мені залишився лише шлях до каталогу.

Мені потрібно було запустити R на кластері, так що не було можливості дізнатися, в якому каталозі я б опинився (робочим завданням присвоюється число та обчислювальний вузол). Це зробило для мене трюк.

Я розумію, що це застаріло, але я не міг змусити колишні відповіді працювати дуже задовільно, тому хотів внести свій метод у випадку, якщо хтось інший зіткнеться з тією ж помилкою, згаданою в коментарях до відповіді BumbleBee.

Шахта заснована на простій системній команді. Все, що ви годуєте функцією, - це назва вашого сценарію:

extractRootDir <- function(x) {
    abs <- suppressWarnings(system(paste("find ./ -name",x), wait=T, intern=T, ignore.stderr=T))[1];
    path <- paste("~",substr(abs, 3, length(strsplit(abs,"")[[1]])),sep="");
    ret <- gsub(x, "", path);
    return(ret);
}

setwd(extractRootDir("myScript.R"));

Вихід з функції виглядав би так "/Users/you/Path/To/Script". Сподіваюсь, це допоможе будь-кому іншому, хто, можливо, застряг.

У hereпакеті передбачена here()функція, яка повертає кореневий каталог вашого проекту на основі певної евристики.

Це не ідеальне рішення, оскільки він не знаходить розташування сценарію, але його достатньо для деяких цілей, тому я подумав, що я його викладу сюди.

Більшість графічних інтерфейсів припускають, що якщо ви знаходитесь в каталозі та "відкриваєте", двічі клацніть або іншим чином намагаєтесь виконати файл .R, що каталог, у якому він знаходиться, буде робочою директорію, якщо не вказано інше. Графічний інтерфейс Mac надає спосіб змінити поведінку за замовчуванням, яка може змінюватися на панелі налаштувань налаштування, яку ви встановили під час сеансу запуску та набула чинності при наступному "запуску". Ви також повинні дивитись на:

?Startup

Документація RStudio говорить:

"Після запуску через об'єднання файлів, RStudio автоматично встановлює робочий каталог в каталог відкритого файлу." Установка за замовчуванням полягає в тому, щоб RStudio був зареєстрований як обробник файлів .R, хоча також згадується можливість встановлення за замовчуванням "асоціації" з RStudio для розширень .Rdata та .R. Чи мають статус "обробника" та "асоціації" однакові в Linux, я не можу сказати.

http://www.rstudio.com/ide/docs/using/workspaces

dirname(parent.frame(2)$ofile)  

не працює для мене, але наступне (як це запропоновано в https://stackoverflow.com/a/35842176/992088 ) працює для мене в ubuntu 14.04

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

Якщо ви використовуєте кодування UTF-8:

path <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Encoding(path) <- "UTF-8"
setwd(dirname(path))

Вам потрібно встановити пакет rstudioapi, якщо ви ще цього не зробили.

Ось ще один спосіб зробити це:

set2 <- function(name=NULL) {
  wd <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
  if (!is.null(name)) {
    if (substr(name, nchar(name) - 1, nchar(name)) != '.R') 
      name <- paste0(name, '.R')
  }
  else {
    name <- stringr::word(wd, -1, sep='/')
  }
  wd <- gsub(wd, pattern=paste0('/', name), replacement = '')
  no_print <- eval(expr=setwd(wd), envir = .GlobalEnv)
}
set2()