Cython: "фатальна помилка: numpy / arrayobject.h: Немає такого файлу чи каталогу"

Я намагаюся прискорити відповідь тут, використовуючи Cython. Я намагаюся скомпілювати код (після того, як cygwinccompiler.pyхак пояснив тут ), але отримую fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminatedпомилку. Хтось може мені сказати, чи це проблема з моїм кодом, або якась езотерична тонкість із Cython?

Нижче мій код.

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

У вашому setup.pyвипадку Extensionмає бути аргумент include_dirs=[numpy.get_include()].

Також np.import_array()у вашому коді відсутній .

-

Приклад setup.py:

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

Для однофайлового проекту, як вашого, використовується інша альтернатива pyximport. Вам не потрібно створювати setup.py... вам навіть не потрібно відкривати командний рядок, якщо ви використовуєте IPython ... все це дуже зручно. У вашому випадку спробуйте виконати ці команди в IPython або в звичайному сценарії Python:

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

Можливо, вам знадобиться відредагувати компілятор. Це змушує імпортувати та перезавантажувати такі ж .pyxфайли, як і .pyфайли.

Джерело: http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

Помилка означає, що під час компіляції не знайдено файлу заголовка numpy.

Спробуйте зробити export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/, а потім скласти. Це проблема з декількома різними пакетами. У ArchLinux подано помилку за тією ж проблемою: https://bugs.archlinux.org/task/22326

Проста відповідь

Більш простий спосіб - додати шлях до вашого файлу distutils.cfg. Це ім'я Windows 7 за замовчуванням C:\Python27\Lib\distutils\. Ви просто стверджуєте наступний вміст, і він повинен вийти:

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

Весь конфігураційний файл

Щоб навести приклад того, як може виглядати файл конфігурації, весь мій файл читає:

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

Це повинно бути в змозі зробити це в межах cythonize()функції, про яку говорилося тут , але це не працює, оскільки існує відома проблема

Якщо ви лінуєтеся писати налаштування файлів і намітити шлях для включення каталогів, спробуйте cyper . Він може скласти ваш код Cython і встановити include_dirsдля Numpy автоматично.

Завантажте свій код у рядок, а потім просто запустіть cymodule = cyper.inline(code_string), тоді ваша функція доступна як cymodule.sparsemakerмиттєво. Щось на зразок цього

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

Ви можете встановити cyper через pip install cyper.