Візьміть n-ий стовпець у текстовому файлі

У мене є текстовий файл:

1 Q0 1657 1 19.6117 Exp
1 Q0 1410 2 18.8302 Exp
2 Q0 3078 1 18.6695 Exp
2 Q0 2434 2 14.0508 Exp
2 Q0 3129 3 13.5495 Exp

Я хочу взяти 2-е і 4-е слово кожного рядка так:

1657 19.6117
1410 18.8302
3078 18.6695
2434 14.0508
3129 13.5495

Я використовую цей код:

 nol=$(cat "/path/of/my/text" | wc -l)
 x=1
 while  [ $x -le "$nol" ]
 do
     line=($(sed -n "$x"p /path/of/my/text)
     echo ""${line[1]}" "${line[3]}""  >> out.txt
     x=$(( $x + 1 ))
 done

Це працює, але це дуже складно і займає багато часу для обробки довгих текстових файлів.

Чи існує простіший спосіб зробити це?

iirc:

cat filename.txt | awk '{ print $2 $4 }'

або, як зазначено в коментарях:

awk '{ print $2 $4 }' filename.txt

Ви можете використовувати cutкоманду:

cut -d' ' -f3,5 < datafile.txt

відбитки

1657 19.6117
1410 18.8302
3078 18.6695
2434 14.0508
3129 13.5495

the

• -d' '- означає, використовувати spaceяк роздільник
• -f3,5 - візьміть і роздрукуйте 3 і 5 колонку

cutЦе набагато швидше для великих файлів в якості чистого розчину оболонки. Якщо ваш файл розділений кількома пробілами, ви можете спочатку їх видалити, наприклад:

sed 's/[\t ][\t ]*/ /g' < datafile.txt | cut -d' ' -f3,5

де (gnu) sed замінить будь-який tabабо spaceсимволи на один space.

Для варіанту - ось також рішення для perl:

perl -lanE 'say "$F[2] $F[4]"' < datafile.txt

Для повноти:

while read _ _ one _ two _; do
    echo "$one $two"
done < file.txt

Замість _довільної змінної (типу junk) також може бути використана. Сенс у тому, щоб просто витягти стовпці.

Демо:

$ while read _ _ one _ two _; do echo "$one $two"; done < /tmp/file.txt
1657 19.6117
1410 18.8302
3078 18.6695
2434 14.0508
3129 13.5495

Ще один простий варіант -

$ while read line
  do
      set $line          # assigns words in line to positional parameters
      echo "$3 $5"
  done < file

Якщо ваш файл містить n рядків, то ваш сценарій повинен прочитати файл n разів; отже, якщо ви подвоїте довжину файлу, ви в чотири рази зробите роботу, яку виконує ваш скрипт, - і майже вся ця робота просто викидається, оскільки все, що ви хочете зробити, - це прокрутити рядки по порядку.

Натомість найкращим способом перебирати рядки файлу є використання whileциклу, readвбудованим є команда-умова :

while IFS= read -r line ; do
    # $line is a single line of the file, as a single string
    : ... commands that use $line ...
done < input_file.txt

У вашому випадку, оскільки ви хочете розділити рядок на масив, а readвбудований насправді має спеціальну підтримку для заповнення змінної масиву, що саме вам потрібно, ви можете написати:

while read -r -a line ; do
    echo ""${line[1]}" "${line[3]}"" >> out.txt
done < /path/of/my/text

або ще краще:

while read -r -a line ; do
    echo "${line[1]} ${line[3]}"
done < /path/of/my/text > out.txt

Однак для того, що ви робите, ви можете просто скористатися cutутилітою:

cut -d' ' -f2,4 < /path/of/my/text > out.txt

(або awk, як пропонує Том ван дер Вердт, або perl, або навіть sed).

Якщо ви використовуєте структуровані дані, це має додаткову перевагу, якщо не викликати зайвий процес оболонки для запуску trта / cutабо щось інше. ...

(Звичайно, ви хочете захиститися від поганих входів за допомогою умовних та розумних альтернатив.)

...
while read line ; 
do 
    lineCols=( $line ) ;
    echo "${lineCols[0]}"
    echo "${lineCols[1]}"
done < $myFQFileToRead ; 
...