Як вже згадували деякі люди: пул додатків сайту в IIS перезапуститься (зазвичай це займає пару секунд). Як результат, наступні запити на сторінку будуть повільнішими (оскільки більше нічого не буде кешуватися). Також буде втрачено стан сеансу користувачів; АЛЕ у стані сеансу WSS за замовчуванням не використовується, у MOSS він використовується InfoPath Form Services. Тож може бути, що у вас немає великих проблем, пов’язаних із втратою стану сесії.
З іншого боку; щоб подолати ці проблеми: зазвичай робиться створення SharePoint Solution (WSP), яке розгортає і запускає завдання таймера, щоб внести зміни до web.config із коду (використовуючи клас SPWebConfigModification об’єктної моделі). Приємно те, що ви можете запланувати виконання змін, тому ваші користувачі цього не помітять.