Встановлення індивідуальних обмежень осі за допомогою facet_wrap та масштабів = “вільний” у ggplot2


116

Я створюю фацетний графік для перегляду прогнозованих та фактичних значень поряд із графіком передбачуваного значення проти залишків. Я буду використовувати, shinyщоб допомогти вивчити результати моделювання зусиль, використовуючи різні параметри навчання. Я треную модель з 85% даних, тестую на решті 15% і повторюю це 5 разів, збираючи фактичні / передбачувані значення кожного разу. Після підрахунку залишків, моє data.frameвиглядає так:

head(results)
       act     pred       resid
2 52.81000 52.86750 -0.05750133
3 44.46000 42.76825  1.69175252
4 54.58667 49.00482  5.58184181
5 36.23333 35.52386  0.70947731
6 53.22667 48.79429  4.43237981
7 41.72333 41.57504  0.14829173

Що я хочу:

  • Побічний сюжет predпроти actі predпротиresid
  • Х / у / діапазон меж для predVS. actбути тим же самим , в ідеалі , min(min(results$act), min(results$pred))щобmax(max(results$act), max(results$pred))
  • Діапазон / межі x / y для predпорівняно з resid не впливатиме на те, що я роблю, на фактичний та передбачуваний графік. Графік для xбільше лише передбачуваних значень та yпонад лише залишковий діапазон є нормальним.

Щоб переглянути обидва сюжети поруч, я розплавляю дані:

library(reshape2)
plot <- melt(results, id.vars = "pred")

Тепер сюжет:

library(ggplot2)
p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")

print(p)

Це досить близько до того, що я хочу:

введіть тут опис зображення

Мені б хотілося, щоб діапазони x і y фактичного проти прогнозованого були однаковими, але я не знаю, як це вказати, і мені не потрібно цього робити для передбачуваного та залишкового сюжету, оскільки діапазони абсолютно різні.

Я спробував додати що - щось на зразок цього для обох scale_x_continousі scale_y_continuous:

min_xy <- min(min(plot$pred), min(plot$value))
max_xy <- max(max(plot$pred), max(plot$value))

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")
p <- p + scale_x_continuous(limits = c(min_xy, max_xy))
p <- p + scale_y_continuous(limits = c(min_xy, max_xy))

print(p)

Але це підбирає min()залишкові значення.

введіть тут опис зображення

Останньою ідеєю у мене було зберегти значення мінімуму actта predзмінних перед плавленням, а потім додати їх до розтопленого кадру даних, щоб продиктувати, у якій грані вони з'являються:

head(results)
       act     pred       resid
2 52.81000 52.86750 -0.05750133
3 44.46000 42.76825  1.69175252
4 54.58667 49.00482  5.58184181
5 36.23333 35.52386  0.70947731

min_xy <- min(min(results$act), min(results$pred))
max_xy <- max(max(results$act), max(results$pred))

plot <- melt(results, id.vars = "pred")

plot <- rbind(plot, data.frame(pred = c(min_xy, max_xy),
  variable = c("act", "act"), value = c(max_xy, min_xy)))

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free")

print(p)

Це робить те, що я хочу, за винятком балів:

введіть тут опис зображення

Будь-які пропозиції зробити щось подібне?


Я бачив цю ідею додати geom_blank(), але я не впевнений, як вказати aes()біт і чи правильно він працює, або який geom_point()еквівалент використанню гістограми aes(y = max(..count..)).


Ось дані, з якими можна грати (мої фактичні, передбачувані та залишкові значення до плавлення):

> dput(results)
structure(list(act = c(52.81, 44.46, 54.5866666666667, 36.2333333333333, 
53.2266666666667, 41.7233333333333, 35.2966666666667, 30.6833333333333, 
39.25, 35.8866666666667, 25.1, 29.0466666666667, 23.2766666666667, 
56.3866666666667, 42.92, 41.57, 27.92, 23.16, 38.0166666666667, 
61.8966666666667, 37.41, 41.6333333333333, 35.9466666666667, 
48.9933333333333, 30.5666666666667, 32.08, 40.3633333333333, 
53.2266666666667, 64.6066666666667, 38.5366666666667, 41.7233333333333, 
25.78, 33.4066666666667, 27.8033333333333, 39.3266666666667, 
48.9933333333333, 25.2433333333333, 32.67, 55.17, 42.92, 54.5866666666667, 
23.16, 64.6066666666667, 40.7966666666667, 39.0166666666667, 
41.6333333333333, 35.8866666666667, 25.1, 23.2766666666667, 44.46, 
34.2166666666667, 40.8033333333333, 24.5766666666667, 35.73, 
61.8966666666667, 62.1833333333333, 74.6466666666667, 39.4366666666667, 
36.6, 27.1333333333333), pred = c(52.8675013282404, 42.7682474758679, 
49.0048248585123, 35.5238560262515, 48.7942868566949, 41.5750416040131, 
33.9548164913007, 29.9787449128663, 37.6443975781139, 36.7196211666685, 
27.6043278172077, 27.0615724310721, 31.2073056885252, 55.0886903524179, 
43.0895814712768, 43.0895814712768, 32.3549865881578, 26.2428426737583, 
36.6926037128343, 56.7987490221996, 45.0370788180147, 41.8231642271826, 
38.3297859332601, 49.5343916620086, 30.8535641206809, 29.0117492750411, 
36.9767968381391, 49.0826677983065, 54.4678549541069, 35.5059204731218, 
41.5333417555995, 27.6069075391361, 31.2404889715121, 27.8920960978598, 
37.8505531149324, 49.2616631533957, 30.366837650159, 31.1623492639066, 
55.0456078770405, 42.772538591063, 49.2419293590535, 26.1963523976241, 
54.4080781796616, 44.9796700541254, 34.6996927469131, 41.6227713664027, 
36.8449646519306, 27.5318686661673, 31.6641793552795, 42.8198894266632, 
40.5769177148146, 40.5769177148146, 29.3807781312816, 36.8579132935989, 
55.5617033901752, 55.8097119335638, 55.1041728261666, 43.6094641699075, 
37.0674887276681, 27.3876960746536), resid = c(-0.0575013282403773, 
1.69175252413213, 5.58184180815435, 0.709477307081826, 4.43237980997177, 
0.148291729320228, 1.34185017536599, 0.704588420467079, 1.60560242188613, 
-0.832954500001826, -2.50432781720766, 1.98509423559461, -7.93063902185855, 
1.29797631424874, -0.169581471276786, -1.51958147127679, -4.43498658815778, 
-3.08284267375831, 1.32406295383237, 5.09791764446704, -7.62707881801468, 
-0.189830893849219, -2.38311926659339, -0.541058328675241, -0.286897454014273, 
3.06825072495888, 3.38653649519422, 4.14399886836018, 10.1388117125598, 
3.03074619354486, 0.189991577733821, -1.82690753913609, 2.16617769515461, 
-0.088762764526507, 1.47611355173427, -0.268329820062384, -5.12350431682565, 
1.5076507360934, 0.124392122959534, 0.147461408936991, 5.34473730761318, 
-3.03635239762411, 10.1985884870051, -4.18300338745873, 4.31697391975358, 
0.0105619669306023, -0.958297985263961, -2.43186866616734, -8.38751268861282, 
1.64011057333683, -6.36025104814794, 0.226415618518729, -4.80411146461488, 
-1.1279132935989, 6.33496327649151, 6.37362139976954, 19.5424938405001, 
-4.17279750324084, -0.467488727668119, -0.254362741320246)), .Names = c("act", 
"pred", "resid"), row.names = c(2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 
10L, 11L, 12L, 13L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 
24L, 25L, 26L, 28L, 29L, 30L, 31L, 32L, 33L, 34L, 35L, 36L, 37L, 
38L, 39L, 41L, 42L, 43L, 44L, 45L, 46L, 47L, 48L, 49L, 50L, 51L, 
52L, 54L, 55L, 56L, 57L, 58L, 59L, 60L, 61L, 62L, 63L, 64L, 65L
), class = "data.frame")

Просто цікаво - чому б не побудувати графік фактичного та залишкового в одному графіку?
Рікардо Сапорта

2
Я б створив сюжети окремо, а потім використовувати grid.arrange.
joran

@RicardoSaporta Чи є зображення google, на яке ви можете посилатися як приклад? Чи пропонуєте ви, використовуючи дані після розплавлення, що я б просто зробив ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point()без фасети? Чи не дійсно це зменшить масштаб залишків, щоб важко було виявити невипадковість / перекос?
Хенді

1
Мій інший коментар полягає в тому, що граніт - це менше коду ... Мені просто довелося розплавити, а потім нанести графік і грань за variableзначенням, створеним melt(). Потім знову, я думаю, я міг би зберегти їх у списку, створеному lapplyдля побудови різних комбінацій. Дякуємо за вклад. Якщо ви хочете створити gridрішення, я можу прийняти відповідь, хоча якщо це шлях, який ми проходимо, це може бути також дублікатом інших gridрішень на базі даних.
Хенді

1
@joran, і я вважаю, що я звичайно раджу людям не користуватися, grid.arrangeщо майже незмінно заплутує макет. Я хотів би вирішити давні помилки gtable.
баптист

Відповіді:


115

Ось код з фіктивним geom_blankшаром,

range_act <- range(range(results$act), range(results$pred))

d <- reshape2::melt(results, id.vars = "pred")

dummy <- data.frame(pred = range_act, value = range_act,
                    variable = "act", stringsAsFactors=FALSE)

ggplot(d, aes(x = pred, y = value)) +
  facet_wrap(~variable, scales = "free") +
  geom_point(size = 2.5) + 
  geom_blank(data=dummy) + 
  theme_bw()

введіть тут опис зображення


11
Приємний варіант для цього expand_limits(pred=range_act, value=range_act), який використовує, geom_blankале простіший у використанні.
ерегон

6
Це лише розширює межі (але не контрактує) Чи є спосіб скоротити діапазон? @baptiste
Indranil Gayen

32

Я не впевнений, що розумію, чого ви хочете, але виходячи з того, що я зрозумів

масштаб x здається однаковим, це шкала y не однакова, і це тому, що ви вказали шкалу = "безкоштовно"

ви можете вказати шкалу = "free_x", щоб дозволити вільний лише x (у цьому випадку це те саме, що і pred має той самий діапазон за визначенням)

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) + geom_point(size = 2.5) + theme_bw()
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free_x")

працював на мене, дивіться малюнок

введіть тут опис зображення

Я думаю, що ви зробили це занадто складно - я, мабуть, пам’ятаю, що колись визначав межі, засновані на формулі з min та max, і якщо гране, я думаю, що він використовував лише ці значення, але я не можу знайти код


7

Ви також можете вказати діапазон за допомогою команди координат_картезіанський, щоб встановити потрібний діапазон осі y, як у попередньому дописі, використовуйте шкалу = free_x

p <- ggplot(plot, aes(x = pred, y = value)) +
     geom_point(size = 2.5) +
     theme_bw()+
     coord_cartesian(ylim = c(-20, 80))
p <- p + facet_wrap(~variable, scales = "free_x")
p

введіть тут опис зображення

Використовуючи наш веб-сайт, ви визнаєте, що прочитали та зрозуміли наші Політику щодо файлів cookie та Політику конфіденційності.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.