Запустіть скрипт R з командного рядка

У мене є файл, званий a.r, він має chmod755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Як я можу це запустити за допомогою командного рядка?

Якщо ви хочете, щоб вихід друкувався до терміналу, найкраще використовувати Rscript

Rscript a.R

Зауважте, що при використанні R CMD BATCH a.Rцього замість перенаправлення виводу на стандартне виведення та відображення на терміналі буде створено новий файл під назвою a.Rout.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Ще одна річ, яку слід зазначити про використання Rscript, це те, що він не завантажує methodsпакет за замовчуванням, що може спричинити плутанину. Тож якщо ви покладаєтесь на все, що дає методи, ви хочете явно завантажити його у свій сценарій.

Якщо ви дійсно хочете скористатися ./a.Rспособом виклику сценарію, ви можете додати відповідну #!вершину сценарію

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Я також зазначу, що якщо ви працюєте в системі * unix, є корисний пакет littler, який забезпечує просту передачу командного рядка до R. Можливо, для запуску блискучих програм за допомогою скрипту може знадобитися littler? Більш детальну інформацію ви можете знайти в цьому запитанні .

Це не відповідає безпосередньо на питання. Але хтось може опинитися тут, тому що він хоче запустити oneliner R з терміналу. Наприклад, якщо ви просто хочете встановити якісь відсутні пакети та вийти, цей oneliner може бути дуже зручним. Я його дуже використовую, коли раптом дізнаюсь, що я пропускаю деякі пакунки, і хочу встановити їх там, де хочу.

• Щоб встановити стандартне місце:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• Щоб встановити місце, де потрібні rootпривілеї:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Ще одним способом запуску сценарію R з командного рядка буде:

R < scriptName.R --no-save  

або з --save.

Дивіться також Який найкращий спосіб використовувати R-скрипти в командному рядку (терміналі)? .

Вам потрібна ?Rscriptкоманда для запуску сценарію R з терміналу.

Перевірте http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

Приклад

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Як запустити Rmd в команді Knr і rmarkdown за допомогою декількох команд, а потім Завантажити HTML-файл у RPubs

Ось приклад: завантажте дві бібліотеки і виконайте команду R

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Ще один спосіб використання Rscript для * Unix-систем - це Process Substitution .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Що очевидно робить те ж саме, що і прийнята відповідь, але це дозволяє вам маніпулювати та запускати файл, не економлячи на ньому потужність командного рядка, наприклад:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Подібний до Rscript -e "Rcode"нього також дозволяє запускати без збереження у файл. Таким чином, він може використовуватися разом із скриптами, що генерують R-код, наприклад:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Тільки для документації, іноді потрібно запустити скрипт як sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R