Не фахівець з WIX, але чи можливим (простішим?) Рішенням цього може бути запуск спеціальної дії Quiet Execution, яка є частиною вбудованих розширень WIX?
Можна запустити команду rmdir MS DOS із параметрами / S та / Q.
<Binary Id="CommandPrompt" SourceFile="C:\Windows\System32\cmd.exe" />
А спеціальна дія, яка робить роботу, проста:
<CustomAction Id="DeleteFolder" BinaryKey="CommandPrompt"
ExeCommand='/c rmdir /S /Q "[CommonAppDataFolder]MyAppFolder\PurgeAppFolder"'
Execute="immediate" Return="check" />
Тоді вам доведеться змінити InstallExecuteSequence, як це задокументовано в багатьох місцях.
Оновлення:
Були проблеми з цим підходом. Закінчило робити власне завдання натомість, але все ще вважає це життєздатним рішенням, але не змушуючи деталі працювати.