Я зіткнувся з тим же питанням, і це мене піднесло до стіни. Проблема зрештою полягала в тому, що папку .idea ВЖЕ ЗАВДАНО в репо, і тому вони відстежувались git незалежно від того, ви їх ігнорували чи ні. Після закриття RubyMine / IntelliJ або будь-якого IDE я рекомендую наступне:
mv .idea ../.idea_backup
rm .idea # in case you forgot to close your IDE
git rm -r .idea
git commit -m "Remove .idea from repo"
mv ../.idea_backup .idea
Після цього не забудьте проігнорувати .idea у своєму .gitignore
Хоча достатньо ігнорувати його у .gitignore сховища, я б запропонував вам ігнорувати точкові файли IDE у всьому світі.
Інакше вам доведеться додавати його до кожного .gitgnore для кожного проекту, над яким ви працюєте. Крім того, якщо ви співпрацюєте з іншими людьми, то найкраща практика не забруднювати проект .gitignore проектом приватною конфігурацією, не характерною для вихідного коду проекту.