Якщо це GNU diff, то ви просто зможете вказати його на два каталоги та скористатися параметром -r.
В іншому випадку спробуйте використовувати
for i in $(\ls -d ./dir1/*); do diff ${i} dir2; done
NB: Як зазначав Денніс у розділі коментарів, вам фактично не потрібно робити заміну команди на ls. Я робив це так довго, що я дуже багато роблю це на автопілоті та підміняючи команду, що мені потрібна для отримання списку файлів для порівняння.
Також я забув додати, що я роблю '\ ls' тимчасово відключити псевдонім ls до GNU ls, щоб втратити інформацію про форматування кольорів із списку, поверненого GNU ls.
diff
команди, завантаживши утиліти GNU для Win32 .