Відповіді:
У розділі «Валідація» у вікні> Налаштування можна додати різні правила у стовпці налаштувань (...), у групу «Виключити для типів XML» ви можете додати «Правило папки або імені файлу».
Це те, що я роблю, щоб виключити папку з перевірки в проекті. Для мене це працює для javascript та інших попереджень / помилок.
Примітка. У програмі Eclipse Indigo потрібно клацнути правою кнопкою миші папку та вибрати властивості, а потім вибрати ресурс у лівій навігації.

За допомогою Eclipse 2018-12 у Angular-Project я зміг позбутися помилок перевірки валідності у папках, npm генерує (як node_modules), просто вибравши папку та встановивши прапорець "Похідне" у розділі "Ресурс".
Після проекту -> Очищення помилок вже немає.
Примітка. Я потрапив сюди, тому що шукав простий спосіб виключити певні папки з перевірки в Eclipse. Моя відповідь не працює для конкретного випадку, детального у запитанні (що стосується приховування недійсних файлів XML від перевірки).
Як виключити певні папки або файли з перевірки в Eclipse?
Коли папки знаходяться на шляху збирання і коли дратівливі проблеми є лише попередженнями, існує прямий шлях:
Ignore optional compile problemsПапки все ще будуть перевірені, повідомляться про помилки, але Eclipse проігнорує всі попередження. Наприклад, це ідеально підходить для папки згенерованих джерел.