У моєму випадку я перетягнув декілька файлів у вікно мого проекту Xcode, щоб додати їх. Він робив копії у моєму вихідному каталозі, але не ставив їх там, де я хотів, щоб вони перейшли (він поставив їх у корінь мого каталогу, я хотів їх у підкаталозі). Не замислюючись, я просто схопив їх у Finder і перемістив їх до каталогу, в якому я їх хотів. Після повернення у вікно проекту він, звичайно, не зміг їх знайти, тому я видалив їх у вікні та знову додав їх. Після складання я почав отримувати ці помилки.
Я вважав, як дехто згадує вище, що це проблема git, але коли я запускав "git ls-tree --full-tree -r HEAD", я взагалі не бачив файли ??
У будь-якому випадку, щоб виправити все, що я робив, було використовувати команду меню "Додати файл ...", щоб додати кожен файл до місця за замовчуванням, зробити чисту збірку, а потім видалити їх з вікна проекту (використовуючи переміщення в кошик) і вона позбулася всіх помилок.