Я використовував варіант рішення Матео. Я використовую це у файлах Rmd, записаних у ароматизованій розмітці (gfm) для github для веб-сайту, що працює на Jekyll, але ті самі файли Rmd використовуються для створення pdfs у різних контекстах. Файли Rmd математично важкі, а математика відображається за допомогою MathJax на веб-сайті. Тому мені було потрібно рішення, яке працює з gfm, який обробляється через Jekyll, працює з pandoc-> pdflatex і сумісний з MathJax.
фрагмент з файлу Rmd (який є gfm)
Here is a paragraph with an footnote <span id="a1">[[1]](#f1)</span>.
Footnotes
=========
1. <span id="f1"></span> This is a footnote. [$\hookleftarrow$](#a1)
$\hookleftarrow$
це латекс, який працює для мене, оскільки у мене завжди включений MathJax. Я використовую це, щоб переконатися, що він правильно відображається в моїх файлах pdfs. Я поміщаю виноски у квадратні дужки, тому що супріск є заплутаним, якщо я ставлю виноску на якусь вбудовану математику.
Ось це в дії: https://eeholmes.github.io/posts/2016-5-18-FI-recursion-1/
Ці замітки можна розмістити в будь-якому місці Rmd. Я вношу список в кінці, щоб вони були технічно конотаціями.