1. Ви не можете заклинання
Перше, що потрібно перевірити, чи правильно ви написали назву пакета? Назви упаковок відрізняються регістром у Р.
2. Ви не шукали у правильному сховищі
Далі слід перевірити, чи доступний пакет. Тип
setRepositories()
Див. Також «setRepositories» .
Щоб побачити, у яких сховищах R буде шукати ваш пакет, і необов'язково виберіть деякі додаткові. Як мінімум, зазвичай ви хочете, CRANщоб вас обрали, і CRAN (extras)якщо ви використовуєте Windows, і Bioc*сховища, якщо ви їх зробили[gen / prote / metabol / transcript] omics біологічні аналізи.
Щоб назавжди змінити це, додайте рядок, як setRepositories(ind = c(1:6, 8))у ваш Rprofile.siteфайл.
3. Пакет не знаходиться у вибраних вами сховищах
Поверніть усі наявні пакети за допомогою
ap <- available.packages()
Дивіться також імена доступних пакетів аїру , ? Available.packages .
Оскільки це велика матриця, ви можете скористатися засобом перегляду даних для її вивчення. Крім того, ви можете швидко перевірити, чи доступний пакет, перевіривши назви рядків.
View(ap)
"foobarbaz" %in% rownames(ap)
Альтернативно, список доступних пакетів можна побачити у браузері для CRAN , CRAN (додатково) , Bioconductor , R-forge , RForge та github .
Ще одне можливе повідомлення попередження, яке ви можете отримати під час взаємодії з дзеркалами CRAN:
Warning: unable to access index for repository
Що може вказувати на вибране сховище CRAN, наразі недоступне. Ви можете вибрати інше дзеркало chooseCRANmirror()і спробувати встановити ще раз.
Є кілька причин, через які пакет може бути недоступним.
4. Ви не хочете пакету
Можливо, ви не дуже хочете пакету. Зазвичай можна плутати різницю між пакетом і бібліотекою , або пакетом і набором даних.
Пакет - це стандартизована колекція матеріалів, що розширюють R, наприклад, надання коду, даних або документації. Бібліотека - це місце (каталог), де R знає, щоб знайти пакунки, якими він може користуватися
Щоб переглянути доступні набори даних, введіть
data()
5. R або біопровідник застарів
Він може залежати від більш нової версії R (або одного з пакетів, які він імпортує / залежить). Подивись на
ap["foobarbaz", "Depends"]
і розглянути можливість оновлення установки R до поточної версії. У Windows це найпростіше зробити через installrпакет.
library(installr)
updateR()
(Звичайно, install.packages("installr")спочатку вам може знадобитися .)
Еквівалентно для біокондукторних пакетів, можливо, вам доведеться оновити установку Bioconductor.
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")
6. Пакет застарів
Можливо, він був заархівований (якщо він більше не підтримується і більше не проходить R CMD checkтести).
У цьому випадку ви можете завантажити стару версію пакета за допомогою install_version()
library(remotes)
install_version("foobarbaz", "0.1.2")
Альтернативою є установка з дзеркала github CRAN.
library(remotes)
install_github("cran/foobarbaz")
7. Немає бінарних файлів Windows / OS X / Linux
Можливо, він не має двійкового файлу Windows через те, що вимагає додаткового програмного забезпечення, якого CRAN не має. Крім того, деякі пакети доступні лише через джерела для деяких або всіх платформ. У цьому випадку в CRAN (extras)сховищі може бути версія (див. setRepositoriesВище).
Якщо пакет вимагає компілювати код (наприклад, C, C ++, FORTRAN), то в Windows встановіть Rtools або на OS X встановіть інструменти для розробників, що супроводжують XCode, та встановіть вихідну версію пакета за допомогою:
install.packages("foobarbaz", type = "source")
# Or equivalently, for Bioconductor packages:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("foobarbaz", type = "source")
На CRAN ви можете сказати, чи знадобляться вам спеціальні інструменти для складання пакета з джерела, переглянувши NeedsCompilationпрапор в описі.
8. Пакет знаходиться на github / Bitbucket / Gitorious
Він може мати сховище в Github / Bitbucket / Gitorious. Ці пакети вимагають встановлення remotesпакета.
library(remotes)
install_github("packageauthor/foobarbaz")
install_bitbucket("packageauthor/foobarbaz")
install_gitorious("packageauthor/foobarbaz")
(Як і у випадку installr, вам може знадобитися install.packages("remotes")спочатку.)
9. Немає вихідної версії пакета
Хоча двійкова версія вашого пакета доступна, вихідна версія не є. Ви можете вимкнути цю перевірку, встановивши
options(install.packages.check.source = "no")
як описано у цій відповіді на відповідь від imanuelc та в розділі «Подробиці» ?install.packages.
10. Пакет знаходиться у нестандартному сховищі
Ваш пакет знаходиться у нестандартному сховищі (наприклад, Rbbg). Якщо припустити, що він повністю відповідає стандартам CRAN, ви все одно можете завантажити його за допомогою install.packages; вам просто потрібно вказати URL-адресу сховища.
install.packages("Rbbg", repos = "http://r.findata.org")
RHIPEз іншого боку, не знаходиться у сховищі схожих на CRAN і має власні інструкції щодо встановлення .