Я припускаю, що ви вже знаєте, що MongoDB - це система баз даних NoSQL, яка зберігає дані у вигляді документів BSON. Однак ваше запитання стосується пакетів для Node.js.
З точки зору Node.js, mongodb є основним драйвером для взаємодії з екземпляром mongodb, а мангуста - це інструмент моделювання об'єктів для MongoDB.
Mongoose побудований поверх драйвера MongoDB, щоб надати програмістам спосіб моделювання своїх даних.
EDIT:
Я не хочу коментувати, що краще, оскільки це зробило б цю відповідь висловленою. Однак я перелічу деякі переваги та недоліки використання обох підходів.
Користуючись Mongoose, користувач може визначити схему для документів у певній колекції. Це забезпечує масу зручностей у створенні та керуванні даними в MongoDB. З іншого боку, навчання мангусту може зайняти деякий час і має деякі обмеження в роботі із схемами, які є досить складними.
Однак якщо ваша схема колекції непередбачувана, або ви хочете мати оболонку Mongo, подібну досвіду всередині Node.js, тоді продовжуйте використовувати драйвер MongoDB. Найпростіше підібрати. Мінус тут полягає в тому, що вам доведеться написати більшу кількість коду для перевірки даних, і ризик помилок вище.