Під час установки rJava за допомогою install.packages("rJava")команди я отримую таку помилку:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

У мене встановлений Java JDK і java -versionповертає наступне:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

Коли Googling навколо помилки, я бачу, що у інших виникає така ж проблема, але не знаходять рішення, крім "встановити весь JDK, а не тільки JRE", який я зробив.

Інша річ, яку я прочитав - це запустити, sudo R CMD javareconfякий працює досить щасливо, без помилок.

Будь-які ідеї, в чому моя проблема?

[[EDIT]] Минуло кілька місяців, як я мав цю проблему. Я спочатку вирішив це шляхом редагування моїх шляхів Java, як показано у відповіді, яку я розмістив нижче. Я нещодавно зіткнувся з тим же питанням на новій установці Ubuntu. Я спробував рекомендацію Дірка використовувати apt-get для встановлення пакету rJava. Це спрацювало чудово. Що я не зміг оцінити спочатку, це те, що встановлення пакетів за допомогою методу apt-get Ubuntu принципово відрізняється від просто завантаження одного пакета за допомогою install.packages () всередині R. Пакети Ubuntu вирішують деякі проблеми, які я не усвідомлював і не оцінював .

Не став би

apt-get install r-cran-rjava

було легше? Ви могли попросити мене у користуванніR! :)

Виявляється, моя проблема була проблемою зі JAVA_HOMEзмінною середовища. Так, шокуюче я знаю. Моя початкова настройка для PATHта JAVA_HOMEвиглядала так:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

І я додав, /jreщоб тепер це виглядає приблизно так:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

На Java все здавалося, що добре працює, /jreале rJava не буде. Незвичайно.

Дякую - Ваша пропозиція щодо $JAVA_HOMEтого, щоб привести мене до подібного рішення:

prompt$ unset JAVA_HOME

перш ніж викликати Р.

Я зіткнувся з тим же питанням, і він спрацював після запуску команд нижче.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

Деталі див. На веб- сайті http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Ось як я змушую це працювати:

У Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

в R:

install.packages("rJava")

Це працювало для мене на Ubuntu 12.04 та R версії 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

це каталог, який має jni.h

Далі створіть м'яке посилання на інший необхідний файл заголовка (я лінивий, щоб дізнатися, як включити більше одного каталогу у варіант JAVA_CPPFLAGS нижче):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

Нарешті

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

нижче - одна з моїх відповідей на інший пост - помилка: не вдається завантажити встановлені пакети зараз
(це також стосується цього питання)

Для користувачів Linux (Ubuntu): Якщо у вас встановлено oracle-java (7/8) . Він буде в цьому місці /usr/lib/jvmта sudoпотрібен доступ.

Створіть файл /etc/ld.so.conf.d/java.confз наступними записами:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Замініть java-8-oracle на java-7-oracle, залежно від версії java)

Тоді:

sudo ldconfig

Перезапустіть RStudio, а потім встановіть пакет rJava.

Запуск R під Gentoo на AMD64. Я перейшов до R 2.12.0

R версія 2.12.0 (2010-10-15) Авторське право (C) 2010 Фонд R для статистичних обчислень ISBN 3-900051-07-0 Платформа: x86_64-pc-linux-gnu (64-розрядна), і ці примхливі повідомлення пішли геть.

Ян Вандермер

Я спробував встановити openjdk-7- *, але все ж у мене виникли проблеми з установкою rJava. Виявляється після перезавантаження комп'ютера, тоді проблем взагалі не було.

так

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Пакет rJava шукає /usr/lib/jvm/default-java/папку. Але він недоступний як за замовчуванням. Ця папка містить симпосилання для Java-програми за замовчуванням, налаштованої для системи.

Щоб активувати Java за замовчуванням, встановіть такі пакети:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

Тестовано на ubuntu 17.04 з CRAN R 3.4.1

Що для мене працювало - це зміни JAVA_HOME з файлу /usr/lib/R/etc/javaconf

Я перший перевірив , що моя версія Java включена: sudo update-alternatives --config java. У моєму випадку це булоjava-8-oracle

Я відкрив файл /usr/lib/R/etc/javaconfі замінити default-javaна java-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

замінено на:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

І потім sudo R CMD javareconf

Я перезапустив RStudio, а потім міг встановити rJava.

що я тут роблю:

1. у /etc/apt/sources.list, додати:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

Примітка: rjava повинна бути останньою версією

2 запуск: sudo apt-отримати оновлення sudo apt-get install r-cran-rjava

Після оновлення старої версії rjava можна встановити rhdfs_1.0.8.

У мене це працює, завантаживши: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz та запустивши команду R CMD встановити rJava_0.9-8.tar.gz

Я зіткнувся з тією ж проблемою під час використання Windows 10. Я вирішив проблему, використовуючи наступну процедуру

1. Завантажте Java з https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp для 64-бітних вікон \ Встановіть
2. Завантажте комплект для розробки Java з https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html для 64-розрядних вікон \ Встановіть
3. Потім клацніть правою кнопкою миші на піктограмі «Цей ПК» на робочому столі \ Властивості \ Розширені налаштування системи \ Розширені \ Змінні середовища \ У розділі Системні змінні виберіть Шлях \ Клацніть Редагувати \ Клацніть на Нове \ Скопіюйте та вставте контури "C: \ Program Files \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin "та" C: \ програмні файли \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin "(без лапок) \ OK \ OK \ OK

Примітка : jdk1.8.0_201 та jre1.8.0_201 будуть змінені залежно від версії Java Development Kit та Java

4. У вікні змінних довкілля перейдіть до змінних користувача для користувача \ натисніть кнопку Створити \ Поставте ім'я змінної як "JAVA_HOME" та значення змінної як "C: \ Файли програми \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin" \ Натисніть OK

Щоб перевірити встановлення, відкрийте CMD \ Type javac \ Натисніть Enter та Введіть java \ натисніть Enter

В RStudio запустити

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

Примітка : jdk1.8.0_201 буде змінено залежно від версії набору Java

Тепер ви можете без проблем встановити та завантажити пакет rJava.

Проблема полягала в тому, що rJava не буде встановлено у RStudio( Version 1.0.136). Наступне працювало для мене ( macOS Sierra version 10.12.6) (знайдено тут ):

Крок 1: Завантаження і установка javaforosx.dmgз тут

Крок 2: Далі, запустіть команду зсередини RStudio:

install.packages("rJava", type = 'source')

Я зіткнувся з подібною проблемою на Ubuntu 16.04 і зміг її вирішити, створивши папку з назвою "default-java" /usr/lib/jvmі скопіювавши в неї весь вміст /usr/lib/jvm/java-8-oracle. Я вибрав це рішення як виправлення змінної середовища JAVA_HOME, виявилося, не даремно.