Ні, Mockito цього не підтримує.
Можливо, це не відповідь, яку ви шукаєте, але те, що ви бачите, є симптомом незастосування принципу дизайну:
Складайте перевагу над спадщиною
Якщо ви витягнете стратегію замість розширення супер класу, проблема зникне.
Якщо, однак, вам не дозволено змінювати код, але ви все одно повинні його протестувати, і таким незграбним чином все-таки є надія. За допомогою деяких інструментів AOP (наприклад, AspectJ) ви можете вплести код у метод суперкласу та повністю уникнути його виконання (юк). Це не працює, якщо ви використовуєте проксі-сервери, вам доведеться використовувати модифікацію байт-коду (або переплетення часу завантаження, або компіляція переплетення часу). Існують глузливі фреймворки, які також підтримують такий тип фокусів, як PowerMock та PowerMockito.
Я пропоную вам піти на рефакторинг, але якщо це не варіант, ви серйозно роздивляєтесь.