Проблема в тому, що ваш менеджер пакунків NuGet занадто старий. Вам потрібен NuGet 2.12, оскільки він підтримує новіші .NETStandard фреймворки, які використовує пакет AutoMapper 5.0.1 NuGet.
AutoMapper має групову залежність, яка визначає цільову структуру .NETStandard. Оскільки ваша версія NuGet Package Manager застаріла, вона не розпізнає цю цільову структуру і перетворює її на невідому цільову структуру, і ви отримуєте повторювані фреймворки, оскільки .NETStandard використовується кілька разів у цьому пакеті NuGet. Це спричиняє помилку:
'AutoMapper' already has a dependency defined for 'Microsoft.CSharp'
На жаль, NuGet 2.12 недоступний для Visual Studio 2012, але доступний для Visual Studio 2013.
Тож вам потрібно оновити до Visual Studio 2013 або новішої версії, або вам доведеться використовувати старіший пакет AutoMapper NuGet, який не підтримує .NETStandard.