Виправлення декількох попереджень "невідомий стовпець"

У мене є стійке багаторазове попередження про "невідомий стовпець" для всіх типів команд (наприклад, str (x) для встановлення оновлень на пакети), і не впевнений, як це налагодити чи виправити.

Попередження "невідомий стовпець" явно пов'язане зі змінною в tbl_df, яку я перейменував, але попередження з'являється у всіх видах команд, здавалося б, не пов'язаних із tbl_df (наприклад, встановлення оновлень на пакет, str (x), де x просто вектор символів).

Це проблема з інструментом «Діагностика» в RStudio (інструментом, який показує попередження та можливі помилки у вашому коді). Він був частково зафіксований на цьому роблять в RStudio v1.1.103 або пізніше @ Kévin-ushey . Виправлення часткове, оскільки попередження все ж з’являються (хоча і з меншою частотою). Про цю проблему було повідомлено з відтворюваним прикладом на https://github.com/rstudio/rstudio/isissue/7372 та було виправлено запит на тягу RStudio v1.4 (повинен бути випущений)

Є кілька способів вирішення, виберіть потрібне рішення:

• Вимкніть діагностику коду для всіх файлів у розділі Налаштування / Код / Діагностика

• Вимкнути всю діагностику для конкретного файлу:

  Додати на початку відкритих файлів:

   # !diagnostics off

  Потім збережіть файли, і попередження повинні припиняти відображатися.

• Вимкніть діагностику змінних, які викликають попередження

  Додати на початку відкритих файлів:

   # !diagnostics suppress=<comma-separated list of variables>

  Потім збережіть файли, і попередження повинні припиняти відображатися.

Попередження з’являються тому, що інструмент діагностики в RStudio аналізує вихідний код для виявлення помилок, і коли він виконує діагностичні перевірки, він отримує доступ до стовпців у вашій табличці, які не ініціалізовані, даючи попередження, яке ми бачимо. Попередження не з’являються, оскільки ви виконуєте непов’язані речі, вони з’являються при виконанні діагностики RStudio (коли файл зберігається, то змінюється, коли ви щось запускаєте ...).

Я зіткнувся з тією ж проблемою, і хоча я не знаю, чому вона виникає, мені вдалося визначити, коли вона виникає, і тим самим запобігти їй.

Здається, проблема полягає у додаванні нового стовпця, похідного від індексації, у базовий кадр R порівняно з типовим кадром даних. Візьмемо цей приклад, коли ви додаєте новий стовпець ( age) в базовий кадр даних R:

base_df <- data.frame(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

base_df$age[base_df$name == "mary"] <- 47

Це працює без повернення попередження. Але коли те ж саме робиться з табличкою, вона накидає попередження (і, отже, я думаю, що викликає дивну, здавалося б, не викликану, багаторазову проблему попередження):

library(tibble)

tibble_df <- tibble(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Warning message:
Unknown column 'age' 

Звичайно, є кращі способи уникнути цього, але я виявив, що перше створення вектора NAs виконує цю роботу:

tibble_df$age <- NA

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Я зіткнувся з цим питанням під час використання пакету "dplyr".
Для тих, хто стикається з цією проблемою після використання функції "group_by" у бібліотеці "dplyr":

Я виявив, що розгрупування змінних вирішує невідому проблему попередження стовпців. Іноді мені доводилося повторювати розгрупування кілька разів, поки проблема не буде вирішена.

Перетворення класу в data.frameвирішену для мене проблему:

library(dplyr)
df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))
dfTbl <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())
class(dfTbl) # [1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"
dfTbl = as.data.frame(dfTbl)
class(dfTbl) # [1] "data.frame"

Позичив частковий сценарій від @adts

У мене була ця проблема, коли працювали з функціями tibble та lapply разом. Tibble, здавалося, зберігає речі як список всередині фрейму даних.

Я вирішив це за допомогою unlist перед тим, як додати в таблицю результати функції lapply.

Я також зіткнувся з цією проблемою, за винятком тиблиці, створеної за допомогою блоку dyplyr. Ось невелика модифікація коду sabre, щоб показати, як я прийшов до тієї ж помилки.

library(dplyr)

df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))

t <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())

t
str(t)


t$newvar[t$id==1] <- 0

Скажімо, я хотів вибрати наступні стовпці

best.columns = 'id'

Для мене таке попередження:

df%>% select_(one_of(best.columns))

Хоча це працювало як очікувалося, хоча, наскільки я знаю dplyr, це повинно бути ідентичним.

df%>% select_(.dots = best.columns)

Я отримую ці застереження, коли перейменую стовпець, використовуючи, dplyr::renameпрочитавши його за допомогою readrпакета.

Стара назва стовпця не перейменована в specатрибут. Таким чином, видалення specатрибуту змушує попередження пропадати. Також видалення класу "spec_tbl_df" здається гарною ідеєю.

attr(dat, "spec") <- NULL
class(dat) <- setdiff(class(dat), "spec_tbl_df")