Я знаю, що це стара публікація, але я просто зіткнувся з цією ж проблемою за допомогою Xcode 8.2. Я вже дублював файли .plist та .storyboard у finder, але мій проект Xcode їх не забрав. Для того, щоб додати файли до вашого xcodeproj, просто клацніть правою кнопкою миші проект або папку в Навігаторі проектів і виберіть Додати файли до "Ім'я вашого проекту". Ви повинні мати можливість вибрати потрібні файли (використовуйте клавішу Cmd, щоб вибрати декілька окремих файлів).
Якщо ви створили новий .plist або .storyboard файл, вам потрібно буде посилання на ваше цільове членство. Для посилання просто натисніть на файл у навігаторі, а праворуч у стандартному редакторі> інспектор файлів> цільове членство виберіть відповідне цільове членство.
Правильний спосіб зробити це без дублювання файлів у пошуку, вибравши файл для дублювання, а потім перейдіть до пункту меню Файл> Дублікат у меню навігації Xcode.