Перевірте існування каталогу та створіть, якщо його немає

Мені часто доводиться писати R-сценарії, які дають багато результатів. Мені здається, чистіше вводити цей вихід у власні каталоги. Те, що я написав нижче, перевірить наявність каталогу і переміститься до нього, або створить каталог, а потім переміститься до нього. Чи є кращий спосіб підійти до цього?

mainDir <- "c:/path/to/main/dir"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(subDir)){
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
    setwd(file.path(mainDir, subDir))

}

Використання showWarnings = FALSE:

dir.create(file.path(mainDir, subDir), showWarnings = FALSE)
setwd(file.path(mainDir, subDir))

dir.create()не виходить з ладу, якщо каталог вже існує, він просто виводить попередження. Тож якщо ви можете жити, бачачи попередження, з цим просто немає проблем:

dir.create(file.path(mainDir, subDir))
setwd(file.path(mainDir, subDir))

З 16 квітня 2015 року з випуском R 3.2.0з'явилася нова функція під назвою dir.exists(). Для використання цієї функції та створення каталогу, якщо він не існує, ви можете використовувати:

ifelse(!dir.exists(file.path(mainDir, subDir)), dir.create(file.path(mainDir, subDir)), FALSE)

Це повернеться, FALSEякщо каталог вже існує або є нездійсненним і TRUEякщо він не існував, але був успішно створений.

Зауважте, що ви просто можете перевірити, чи існує каталог

dir.exists(file.path(mainDir, subDir))

Щодо загальної архітектури, я б рекомендував наступну структуру щодо створення каталогу. Це охоплює більшість потенційних проблем, а будь-які інші проблеми зі створенням каталогу будуть виявлені dir.createвикликом.

mainDir <- "~"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir and is a directory")
} else if (file.exists(paste(mainDir, subDir, sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir but is a file")
    # you will probably want to handle this separately
} else {
    cat("subDir does not exist in mainDir - creating")
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    # By this point, the directory either existed or has been successfully created
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    cat("subDir does not exist")
    # Handle this error as appropriate
}

Також пам’ятайте, що якщо ~/fooйого не існує, то виклик dir.create('~/foo/bar')не вдасться, якщо ви не вказали recursive = TRUE.

Ось проста перевірка , і створюється редактор, якщо його немає:

## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:
output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)

if (!dir.exists(output_dir)){
dir.create(output_dir)
} else {
    print("Dir already exists!")
}

Використання file.exists () для перевірки на наявність каталогу є проблемою в початковій публікації. Якщо subDir включив ім'я існуючого файлу (а не просто шлях), file.exists () поверне TRUE, але виклик setwd () не вдасться, оскільки ви не можете встановити робочий каталог, який би вказував на файл.

Я рекомендую використовувати file_test (op = "- d", subDir), який поверне "TRUE", якщо subDir є існуючим каталогом, але FALSE, якщо subDir - це вже існуючий файл або неіснуючий файл чи каталог. Аналогічно перевірка файлу може бути виконана за допомогою оп = "- f".

Крім того, як описано в іншому коментарі, робочий каталог є частиною середовища R і повинен контролюватися користувачем, а не сценарієм. Сценарії в ідеалі не повинні змінювати середовище R. Щоб вирішити цю проблему, я можу використати параметри () для зберігання глобально доступного каталогу, де я хотів усіх своїх результатів.

Отже, розглянемо наступне рішення, де someUniqueTag - лише визначений програмістом префікс для імені параметра, що робить малоймовірним, що опція з тим самим іменем вже існує. (Наприклад, якщо ви розробляли пакет під назвою "filer", ви можете використовувати filer.mainDir та filer.subDir).

Наступний код буде використаний для встановлення параметрів, доступних для використання пізніше в інших сценаріях (таким чином, уникнення використання setwd () у сценарії) та для створення папки при необхідності:

mainDir = "c:/path/to/main/dir"
subDir = "outputDirectory"

options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")

if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
  if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
    stop("Path can't be created because a file with that name already exists.")
  } else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
  }
}

Тоді в будь-якому наступному скрипті, який потрібен для маніпулювання файлом у subDir, ви можете використовувати щось на кшталт:

mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "fileToBeCreated.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))

Це рішення залишає робочий каталог під контролем користувача.

У мене виникла проблема з R 2.15.3, внаслідок чого під час спроби створити структуру дерева рекурсивно на спільному мережному диску я отримав помилку дозволу.

Щоб обійти цю дивацтво, я вручну створюю структуру;

mkdirs <- function(fp) {
    if(!file.exists(fp)) {
        mkdirs(dirname(fp))
        dir.create(fp)
    }
} 

mkdirs("H:/foo/bar")

Одноколісний:

if (!dir.exists(output_dir)) {dir.create(output_dir)}

Приклад:

dateDIR <- as.character(Sys.Date())
outputDIR <- file.path(outD, dateDIR)
if (!dir.exists(outputDIR)) {dir.create(outputDIR)}

Щоб дізнатися, чи шлях є допустимим каталогом, спробуйте:

file.info(cacheDir)[1,"isdir"]

file.info не піклується про косою на кінці.

file.existsв Windows не вдасться до каталогу, якщо він закінчується косою рисою, і не вдасться. Таким чином, це не може бути використане для визначення, чи шлях є каталогом.

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE

file.info(cacheDir)["isdir"]