У мене просто така ж ситуація була зі своїм клієнтом. У нас є власний продукт, який встановлює веб-сайт. Інсталятор налаштовує все: пул IIS, сайт, web.config тощо.
Ми встановили ще один веб-сайт за допомогою нашого інсталятора. Ми ввели однакові параметри, тому web.configs виявився однаковим для обох сайтів.
Однак нещодавно встановлений сайт працював чудово, а старий - ні. Потім я відкрив 2 вікна IIS Manager і почав порівнювати різницю в налаштуваннях веб-сайту. І я знайшов проблему.
Хтось видалив усі відображення обробника зі старого сайту. Якщо ви перейдете до "Зображення обробника", там ви побачите aspx, asmx та інші розширення та назви обробників. Так, на старому сайті всі ці записи були відсутні.
Отже, я б запропонував спочатку перевірити "Мапінг-мапінг" - там має бути багато записів. Створіть новий веб-сайт і порівняйте, щоб знати, скільки їх має бути.
Хто їх видалив, людина чи інша програма, я поняття не маю. Якщо хтось може сказати, чи існує якийсь додаток для відстеження, який би сказав, що домен користувача \ john на дату "07.03.2012 12:34" модифікував веб-сайт, це було б корисно.