У MySQL неможливо вказати механізм зберігання для певної бази даних, лише для окремих таблиць. Однак ви можете вказати механізм зберігання, який використовуватиметься протягом одного сеансу за допомогою:
SET storage_engine=InnoDB;
Тому вам не потрібно вказувати це для кожної таблиці.
Як мені підтвердити, якщо справді всі таблиці використовують InnoDB?