Інструменти для виготовлення таблиць з латексу в R [закрито]

За загальним запитом, вікі спільноти щодо виготовлення таблиць з латексу в Р. У цій публікації я огляну найбільш часто використовувані пакети та блоги з кодом для створення таблиць з латексу з менш прямолінійних об'єктів. Будь ласка, не соромтесь додавати будь-які, які я пропустив, та / або давати поради, підказки та невеликі хитрощі щодо створення добре відформатованих таблиць з латексу за допомогою R.

Пакети:

• xtable : для стандартних таблиць більшості простих об'єктів. Приємну галерею з прикладами можна знайти тут .
• memisc : інструмент для управління даними опитування, містить деякі інструменти для латексних таблиць (базових) регресійних оцінок моделі.
• Hmisc містить функцію, latex()яка створює текстовий файл, що містить об'єкт вибору. Він досить гнучкий, а також може виводити longtableтаблиці з латексу. У довідковому файлі багато інформації?latex
• miscFuncs має чітку функцію 'latextable', яка перетворює матричні дані зі змішаними алфавітними та числовими записами в таблицю LaTeX і друкує їх на консоль, щоб вони могли бути скопійовані та вставлені в документ LaTeX.
• Пакет texreg ( папір JSS ) перетворює статистичну модель моделі в таблиці LaTeX. Об’єднує кілька моделей. Може впоратися з приблизно 50 різними типами моделей, включаючи мережеві моделі та багаторівневі моделі (lme та lme4).
• Пакет reporttools ( папір JSS ) - це ще один варіант описової статистики щодо постійних, категоричних змінних та змінних дат.
• Пакет таблиць є, мабуть, найбільш загальним пакетом виготовлення таблиць LaTeX в R для описової статистики
• Пакет stargazer складає приємні порівняльні статистичні зведені моделі зведення

Блоги та фрагменти коду

• Існує функція аутрегінгу Пола Джонсона, яка дає статистичні таблиці в Latex для виведення регресій. Цей чудово працює.
• Як зазначено в попередньому запитанні, є фрагмент коду для адаптації пакета memisc для об'єктів lme4 .

Пов’язані запитання:

• Пропозиція щодо пакету створення таблиць R / LaTeX
• Вихідний пакет якості репортажу / LaTeX
• сортування таблиці для виведення латексу за допомогою xtable
• Будь-який спосіб створити таблицю LaTeX з об'єкта, який відповідає моделі lme4 mer?
• R data.frame із складеними заданими заголовками для виведення латексу з xtable
• Автоматичне додавання таблиць швидко до латексу з R , з дуже гнучким і цікавим синтаксисом за допомогою мови формул

Я хотів би додати згадку про пакет "варити". Ви можете написати файл шаблону заварювання, який був би LaTeX з заповненнями, а потім "заварити" його, щоб створити .tex файл, щоб \ включити або \ ввести у свій LaTeX. Щось на зразок:

\begin{tabular}{l l}
A & <%= fit$A %> \\
B & <%= fit$B %> \\
\end{tabular}

Синтаксис brew також може обробляти петлі, тому ви можете створити рядок таблиці для кожного рядка фрейму даних.

Дякуємо Joris за створення цього питання. Сподіваємось, він буде перетворений на вікі спільноти.

Пакети книжкових ящиків в латексі створюють приємні на вигляд таблиці. Ось публікація в блозі про те, як використовувати xtable для створення таблиць латексу, які використовують закладки

Я також додав би apsrtableпакет до суміші, оскільки він створює гарні регресивні таблиці.

Інша ідея: Деякі з цих пакетів (особливо memisc і apsrtable) дозволяють легко розширювати код для створення таблиць для різних об'єктів регресії. Один із таких прикладів - код меміску lme4, показаний у запитанні. Можливо, має сенс запустити сховище github для збору таких фрагментів коду, а з часом, можливо, навіть додати його до пакета memisc. Хто-небудь, хто приймає?

Звіздар пакет ще один хороший варіант. Він підтримує об'єкти з багатьох часто використовуваних функцій та пакетів (lm, glm, svyreg, survival, pscl, AER), а також від zelig. Окрім таблиць регресії, вона також може виводити підсумкову статистику для кадрів даних або безпосередньо виводити вміст кадрів даних.

У мене є кілька хитрощів, і робота викликає цікаві «особливості» xtable та Latex, якими я поділюсь тут.

Трюк №1: Видалення дублікатів у стовпцях та трюк №2: Використання закладок

Спочатку завантажте пакунки та визначте мою чисту функцію

<<label=first, include=FALSE, echo=FALSE>>= 
    library(xtable)
    library(plyr)

    cleanf <- function(x){     
        oldx <- c(FALSE, x[-1]==x[-length(x)])  
        # is the value equal to the previous?    
        res <- x
        res[oldx] <- NA
        return(res)} 

Тепер генеруйте деякі підроблені дані

data<-data.frame(animal=sample(c("elephant", "dog", "cat", "fish", "snake"), 100,replace=TRUE),
            colour=sample(c("red", "blue", "green", "yellow"), 100,replace=TRUE),
            size=rnorm(100,mean=500, sd=150),
            age=rlnorm(100, meanlog=3, sdlog=0.5))

    #generate a table
    datatable<-ddply(data, .(animal, colour), function(df) {
                return(data.frame(size=mean(df$size), age=mean(df$age)))
            })

Тепер ми можемо генерувати таблицю та використовувати функцію очищення для видалення повторюваних записів у стовпцях міток.

cleandata<-datatable
cleandata$animal<-cleanf(cleandata$animal)
cleandata$colour<-cleanf(cleandata$colour)
@ 

це звичайний xtable

<<label=normal, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        datatable
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

це звичайний xtable, де спеціальна функція перетворила дублікати в NA

<<label=cleandata, results=tex, echo=FALSE>>=
print(
    xtable(
        cleandata
        ),
        tabular.environment='longtable',
        latex.environments=c("center"), 
        floating=FALSE, 
        include.rownames=FALSE
    )
@ 

Ця таблиця використовує пакет закладки (і в заголовках потрібен \ usepackage {booktabs})

\begin{table}[!h] 
        \centering
        \caption{table using booktabs.}
        \label{tab:mytable}
<<label=booktabs, echo=F,results=tex>>= 
            mat <- xtable(cleandata,digits=rep(2,ncol(cleandata)+1))
            foo<-0:(length(mat$animal))
            bar<-foo[!is.na(mat$animal)]
            print(mat, 
                  sanitize.text.function = function(x){x},
                  floating=FALSE,
                  include.rownames=FALSE,
                  hline.after=NULL, 
                  add.to.row=list(pos=list(-1,bar,nrow(mat)), 
                  command=c("\\toprule ", "\\midrule ", "\\bottomrule ")))
  #could extend this with \cmidrule to have a partial line over
  #a sub category column and \addlinespace to add space before a total row
@ 

Дві утиліти в пакеті taRifx можна використовувати в концерті для створення багаторядкових таблиць вкладених ієрархій.

library(datasets)
library(taRifx)
library(xtable)

test.by <- bytable(ChickWeight$weight, list( ChickWeight$Chick, ChickWeight$Diet) )
colnames(test.by) <- c('Diet','Chick','Mean Weight')
print(latex.table.by(test.by), include.rownames = FALSE, include.colnames = TRUE, sanitize.text.function = force)
#   then add \usepackage{multirow} to the preamble of your LaTeX document
#   for longtable support, add ,tabular.environment='longtable' to the print command (plus add in ,floating=FALSE), then \usepackage{longtable} to the LaTeX preamble

... і трюк №3 багаторядкових записів у Xtable

Створіть ще кілька даних

moredata<-data.frame(Nominal=c(1:5), n=rep(5,5), 
        MeanLinBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        LinCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""),
        MeanQuadBias=signif(rnorm(5, mean=0, sd=10), digits=4), 
        QuadCI=paste("(",signif(rnorm(5,mean=-2, sd=5), digits=4),
                ", ", signif(rnorm(5, mean=2, sd=5), digits=4),")",sep=""))

names(moredata)<-c("Nominal", "n","Linear Model \nBias","Linear \nCI", "Quadratic Model \nBias", "Quadratic \nCI")

Тепер виробляємо наш xtable, використовуючи функцію sanitize, щоб замінити назви стовпців правильними командами нового строку Latex (включаючи подвійні зворотні риски, щоб R було раді)

<<label=multilinetable, results=tex, echo=FALSE>>=
foo<-xtable(moredata)
align(foo) <- c( rep('c',3),'p{1.8in}','p{2in}','p{1.8in}','p{2in}' )
print(foo, 
            floating=FALSE, 
            include.rownames=FALSE,
            sanitize.text.function = function(str) {
                str<-gsub("\n","\\\\", str, fixed=TRUE)

                return(str)
            }, 
            sanitize.colnames.function = function(str) {
                str<-c("Nominal", "n","\\centering Linear Model\\\\ \\% Bias","\\centering Linear \\\\ 95\\%CI", "\\centering Quadratic Model\\\\ \\%Bias", "\\centering Quadratic \\\\ 95\\%CI \\tabularnewline")
                return(str)
            })
@  

(хоча це не ідеально, оскільки нам потрібно \ tabularnewline, щоб таблиця була відформатована правильно, а Xtable все ще ставиться у фіналі \, тож ми закінчуємо порожній рядок під заголовком таблиці.)

Ви також можете використовувати функцію латексного меню з пакету R micsFuncs:

http://cran.r-project.org/web/packages/miscFuncs/index.html

латекс (M), де M - матриця зі змішаними алфавітними та числовими записами, виводить основну таблицю LaTeX на екран, яку можна скопіювати та вставити в документ LaTeX. Там, де є невеликі числа, він також замінює їх нотацією індексу (наприклад, 1,2x10 ^ {- 3}).

Ще один пакет R для агрегування декількох моделей регресії в таблиці LaTeX - texreg .