Попередження "неповний завершальний рядок" при спробі зчитувати файл .csv в R

Я намагаюся прочитати .csv файл в R і після використання цієї формули:

pheasant<-read.table(file.choose(),header=TRUE,sep=",")

Я отримую це попередження:

"incomplete final line found by readTableHeader on 'C:\Documents and Settings..."

Є кілька речей, на які я думав, що це могло викликати це попередження, але, на жаль, я не знаю достатньо R, щоб діагностувати проблему, тому я подумав, що опублікую тут, сподіваючись, що хтось інший зможе поставити мені це за діагноз!

• Файл .csv спочатку був файлом Excel, який я зберег у форматі .csv
• файл містить три стовпці даних
• кожен стовпець даних має різну довжину, тобто в кожному стовпчику є різна кількість значень
• Я хочу порівняти засоби (використовуючи t-тест або еквівалент залежно від нормального / не нормального розподілу) двох стовпців одночасно, наприклад, t-тест між значеннями стовпця 1 та значеннями стовпця 2, потім t- перевірка значень стовпця 1 та колонки 3 тощо.

Будь-яка допомога чи пропозиції були б вдячні!

Повідомлення вказує, що останній рядок файлу не закінчується символом End Of Line (EOL) (linefeed ( \n) або поверненням каретки + linefeed ( \r\n)). Первісний намір цього повідомлення полягав у тому, щоб попередити вас, що файл може бути неповним; Більшість файлів даних мають символ EOL як останній символ у файлі.

Засіб просте:

1. Відкрийте файл
2. Перейдіть до останнього рядка файлу
3. Помістіть курсор на кінець цього рядка
4. Натисніть return
5. Збережіть файл

Проблему легко вирішити; це тому, що останній рядок ПОВИНЕН бути порожнім.

Скажіть, якщо ваш вміст є

line 1,
line2

змінити його на

line 1,
line2
(empty line here)

Сьогодні я зіткнувся з такою проблемою, коли я намагався використовувати R для читання файлу JSON, використовуючи команду нижче:

json_data<-fromJSON(paste(readLines("json01.json"), collapse=""))

; і я вирішую це моїм вищевказаним методом.

Ви дійсно впевнені, що вибрали файл .csv, а не файл .xls? Я можу відтворити помилку, лише якщо спробую прочитати у файлі .xls. Якщо я спробую прочитати у .csv-файлі чи будь-якому іншому текстовому файлі, неможливо відтворити отриману помилку.

> Data <- read.table("test.csv",header=T,sep=",")
> Data <- read.table("test.xlsx",header=T,sep=",")
Warning message:
In read.table("test.xlsx", header = T, sep = ",") :
  incomplete final line found by readTableHeader on 'test.xlsx'

readTableHeadце c-функція, яка дає помилку. Він намагається прочитати в перших n рядках (стандарт перших 5), щоб визначити тип даних. Решта даних зчитуються з використанням scan(). Тож проблема полягає у форматі файлу.

Один із способів з’ясувати це - встановити робочий каталог у каталог, де знаходиться файл. Таким чином ви бачите розширення файлу, про який ви читали. Я знаю, що в Windows це не відображається стандартно, тому ви можете повірити, що це csv, а його немає.

Наступне, що вам слід зробити, - це відкрити файл у «Блокноті» або «Wordpad» (або іншому редакторі) і переконатися, що формат еквівалентний моєму файлу test.csv:

Test1,Test2,Test3
1,1,1
2,2,2
3,3,3
4,4,
5,5,
,6,

Цей файл дасть вам такий фрейм даних:

> read.table(testfile,header=T,sep=",")
  Test1 Test2 Test3
1     1     1     1
2     2     2     2
3     3     3     3
4     4     4    NA
5     5     5    NA
6    NA     6    NA

Формат csv, збережений програмою excel, розділяє всі комірки комою. Порожні клітинки просто не мають значення. read.table()може легко впоратися з цим, і розпізнає порожні клітини просто чудово.

Використовуйте readLines()(з warn = FALSE), щоб спочатку прочитати файл у векторний символ.

Після цього скористайтеся text =опцією для зчитування вектора в кадрі даних за допомогоюread.table()

    pheasant <- read.table( 
        text = readLines(file.choose(), warn = FALSE), 
        header = TRUE,  
        sep = "," 
    )

Я зрозумів, що було надано кілька відповідей, але реального виправлення ще не було.

Як зазначено вище, причина "Кінець рядка" відсутня в кінці файлу CSV.

Хоча справжнє виправлення має надходити від Microsoft, прогулянка полягає в тому, щоб відкрити файл CSV за допомогою редактора Text і додати рядок в кінці файлу (він же натискає клавішу повернення). Я використовую програмне забезпечення ATOM як редактор тексту / коду, але практично всі основні текстові редактори будуть робити.

Тим часом повідомте про помилку в Microsoft.

Питання: Мені здається, це проблема офісу 2016 року. У когось є проблема на ПК?

Я отримав те саме повідомлення. Моє виправлення включало: я видалив усі додаткові аркуші (вкладки) у файлі .csv, усунув нечислові символи, відновив файл як розділений комами та завантажив у R v 2.15.0 за допомогою стандартної мови:

filename <-read.csv ("ім'я файлу", заголовок = TRUE)

В якості додаткової гарантії я закрив програмне забезпечення і знову відкрив його перед завантаженням csv.

У різних європейських локалях, оскільки символ кома виступає в якості десяткової крапки, замість цього слід використовувати функцію read.csv2.

Я вирішив цю проблему зі зміною аргументу кодування в аргументі read.table з fileEncoding = "UTF-16" на fileEncoding = "UTF-8".

Проблема, яку ви описуєте, виникла у мене, коли я перейменований .xlsxяк " .csv.

Що для мене виправлено, було "Зберегти як", а потім знову зберегти його .csv.

Цю проблему я отримав одного разу, коли у мене була одна ціна як частина заголовка. Коли я його видалив (тобто перейменував відповідний заголовок стовпця з Jimmy's dataу Jimmys data), функція не повернула попереджень.

Щоб вирішити цю проблему через R, я просто використав read.xlsx(..)замість read.csv(). Працює як шарм !! Вам навіть не потрібно перейменовувати. Перейменування xlsx в csv не є прийнятним рішенням.

Відкрийте файл у текстовому файле або блокноті ++ та покажіть форматування, наприклад, у текстовому виправнику, на якому ви показуєте невидимки. Таким чином ви можете бачити нові символи рядків або вкладок. Часто excel додасть усілякі вкладки в неправильних місцях, а не останній новий символ рядка, але вам потрібно показати символи, щоб це побачити.

Моя робота полягала в тому, що я відкрив csvфайл у текстовому редакторі, видалив зайві коми після останнього значення, а потім зберег файл. Наприклад для наступного файлу

Test1,Test2,Test3
1,1,1
2,2,2
3,3,3
4,4,
5,5,
,6,,

Видаліть коми через 6, а потім збережіть файл.

У мене виникла подібна проблема, однак це видається загальним попередженням і може насправді не пов’язано з символом рядка. У моєму випадку вона давала цю помилку, оскільки файл, який я використовував, містив символи кирилиці, як тільки я замінив їх латинськими символами, помилка зникла.

Я спробував різні рішення, як-от використання текстового редактора, щоб вставити новий рядок і отримати символ кінця рядка як рекомендовано у верхній відповіді вище. На жаль, жодне з них не спрацювало.

Рішення , яке було , нарешті , працювати для мене було дуже просто: я копіювати-вставити вміст файлу CSV в новий файл CSV порожній, зберегти його, і проблема зникла.