Як накласти ділянки щільності в R?

Я хотів би накласти графіки 2 щільності на одному пристрої з R. Як я можу це зробити? Я шукав в Інтернеті, але не знайшов явного рішення.

Моєю ідеєю було б прочитати дані з текстового файлу (стовпці), а потім використовувати

plot(density(MyData$Column1))
plot(density(MyData$Column2), add=T)

Або щось у цьому дусі.

використовувати linesдля другого:

plot(density(MyData$Column1))
lines(density(MyData$Column2))

переконайтеся, що межі першого сюжету є придатними.

ggplot2 - ще один графічний пакет, який обробляє такі речі, як проблему діапазону, про яку згадує Гавін, досить гладко. Він також обробляє автоматичне генерування відповідних легенд і, як правило, має більш полірований відчуття, на мій погляд, нестандартно, з меншими ручними маніпуляціями.

library(ggplot2)

#Sample data
dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))
#Plot.
ggplot(dat, aes(x = dens, fill = lines)) + geom_density(alpha = 0.5)

Додано базову графічну версію, яка піклується про обмеження по осі y, додає кольори та працює для будь-якої кількості стовпців:

Якщо ми маємо набір даних:

myData <- data.frame(std.nromal=rnorm(1000, m=0, sd=1),
                     wide.normal=rnorm(1000, m=0, sd=2),
                     exponent=rexp(1000, rate=1),
                     uniform=runif(1000, min=-3, max=3)
                     )

Тоді для побудови графіку щільності:

dens <- apply(myData, 2, density)

plot(NA, xlim=range(sapply(dens, "[", "x")), ylim=range(sapply(dens, "[", "y")))
mapply(lines, dens, col=1:length(dens))

legend("topright", legend=names(dens), fill=1:length(dens))

Що дає:

Щоб надати повний набір, ось версія відповіді Чейза з використанням lattice:

dat <- data.frame(dens = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 5))
                   , lines = rep(c("a", "b"), each = 100))

densityplot(~dens,data=dat,groups = lines,
            plot.points = FALSE, ref = TRUE, 
            auto.key = list(space = "right"))

який створює такий сюжет:

Ось як я це роблю в базі (це фактично згадується в коментарях до першої відповіді, але я покажу тут повний код, включаючи легенду, оскільки я поки що не можу коментувати ...)

Спочатку потрібно отримати інформацію про максимальні значення осі y з графіків щільності. Тож спочатку потрібно фактично розрахувати щільності

dta_A <- density(VarA, na.rm = TRUE)
dta_B <- density(VarB, na.rm = TRUE)

Потім побудуйте їх відповідно до першої відповіді та визначте мінімальне та максимальне значення для осі y, яку ви щойно отримали. (Я встановив мінімальне значення 0)

plot(dta_A, col = "blue", main = "2 densities on one plot"), 
     ylim = c(0, max(dta_A$y,dta_B$y)))  
lines(dta_B, col = "red")

Потім додайте легенду у верхній правий кут

legend("topright", c("VarA","VarB"), lty = c(1,1), col = c("blue","red"))

Я взяв наведений вище приклад решітки і зробив чудову функцію. Ймовірно, є кращий спосіб зробити це за допомогою переформування за допомогою розплавлення / лиття. (Коментуйте або редагуйте, якщо помітите покращення.)

multi.density.plot=function(data,main=paste(names(data),collapse = ' vs '),...){
  ##combines multiple density plots together when given a list
  df=data.frame();
  for(n in names(data)){
    idf=data.frame(x=data[[n]],label=rep(n,length(data[[n]])))
    df=rbind(df,idf)
  }
  densityplot(~x,data=df,groups = label,plot.points = F, ref = T, auto.key = list(space = "right"),main=main,...)
}

Приклад використання:

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1),main='BN1 vs BN2')

multi.density.plot(list(BN1=bn1$V1,BN2=bn2$V1))

Ви можете використовувати ggjoyпакет. Скажімо, у нас є три різні betaдистрибутиви, такі як:

set.seed(5)
b1<-data.frame(Variant= "Variant 1", Values = rbeta(1000, 101, 1001))
b2<-data.frame(Variant= "Variant 2", Values = rbeta(1000, 111, 1011))
b3<-data.frame(Variant= "Variant 3", Values = rbeta(1000, 11, 101))


df<-rbind(b1,b2,b3)

Ви можете отримати три різні дистрибутиви таким чином:

library(tidyverse)
library(ggjoy)


ggplot(df, aes(x=Values, y=Variant))+
    geom_joy(scale = 2, alpha=0.5) +
    scale_y_discrete(expand=c(0.01, 0)) +
    scale_x_continuous(expand=c(0.01, 0)) +
    theme_joy()

Всякий раз, коли виникають проблеми з невідповідними межами осей, слід використовувати правильний інструмент у baseграфіці matplot. Ключовим є використання аргументів fromта toаргументів density.default. Це трохи хакерсько, але досить просто котитися:

set.seed(102349)
x1 = rnorm(1000, mean = 5, sd = 3)
x2 = rnorm(5000, mean = 2, sd = 8)

xrng = range(x1, x2)

#force the x values at which density is
#  evaluated to be the same between 'density'
#  calls by specifying 'from' and 'to'
#  (and possibly 'n', if you'd like)
kde1 = density(x1, from = xrng[1L], to = xrng[2L])
kde2 = density(x2, from = xrng[1L], to = xrng[2L])

matplot(kde1$x, cbind(kde1$y, kde2$y))

Додати прибамбаси за бажанням ( matplotприймає всі стандартні plot/ parаргументи, наприклад lty, type, col, lwd, ...).