Помилка: не вдалося знайти функцію… в R

Це має бути питанням поширених запитань, тому будьте якомога повнішими. Відповідь - це відповідь громади, тому сміливо редагуйте, якщо ви думаєте, що щось не вистачає.

Це питання було обговорено та затверджено на мета.

Я використовую R і спробував, some.functionале отримав таке повідомлення про помилку:

Error: could not find function "some.function"

Це питання виникає дуже регулярно. Коли ви отримуєте цей тип помилки в R, як ви можете їх вирішити?

Ви можете перевірити кілька речей:

1. Ви правильно написали ім’я своєї функції? Імена залежно від регістру.
2. Ви встановили пакет, який містить функцію? install.packages("thePackage")(це потрібно зробити лише один раз)
3. Ви приєднали цей пакет до робочої області? require(thePackage)або library(thePackage)(це потрібно робити щоразу, коли ви починаєте новий R сеанс)
4. Чи використовуєте ви старішу версію R, де ця функція ще не існувала?

Якщо ви не впевнені, в якому пакеті знаходиться ця функція, ви можете зробити кілька речей.

1. Якщо ви впевнені, що встановили та приєднали / завантажили потрібний пакет, введіть help.search("some.function")або??some.function отримайте інформаційне поле, яке може повідомити, у якому пакунку він міститься.
2. find і getAnywhere також можна використовувати для пошуку функцій.
3. Якщо у вас немає поняття про пакет, ви можете використовувати його findFnв sosпакеті, як пояснено в цій відповіді .
4. RSiteSearch("some.function")або пошук за допомогою rdocumentation або rseek - альтернативні способи пошуку функції.

Іноді потрібно використовувати старішу версію R, але запустити код, створений для нової версії. Нещодавно додані функції (наприклад, hasName в R 3.4.0) не будуть знайдені. Якщо ви використовуєте більш стару версію R і хочете скористатися більш новою функцією, ви можете скористатись спинками пакетів, щоб зробити такі функції доступними. Ви також знайдете список функцій, які потрібно підтримувати на git repo backports . Майте на увазі, що версії R, старші за R3.0.0, несумісні з пакетами, розробленими для R3.0.0 та пізніших версій.

Інша проблема, при наявності NAMESPACE, полягає в тому, що ви намагаєтеся запустити не експортовану функцію з пакета foo .

Наприклад (надумано, я знаю, але):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

По-перше, ви не повинні викликати методи S3 безпосередньо, але припускаємо, що plot.prcompнасправді була якась корисна внутрішня функція в пакеті foo . Для виклику такої функції, якщо ви знаєте, що ви робите, потрібно використовувати :::. Вам також потрібно знати простір імен, в якому знайдена функція. Використовуючи, getAnywhere()ми виявляємо, що функція знаходиться в статистиці пакета :

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

Тож тепер ми можемо називати це безпосередньо, використовуючи:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Я використовував plot.prcompлише як приклад для ілюстрації мети. У звичайному режимі ви не повинні викликати подібні методи S3. Але, як я вже сказав, якщо функція, яку ви хочете викликати, існує (наприклад, це може бути прихована утиліта), але вона знаходиться вnamespace , R повідомить, що не може знайти функцію, якщо ви не скажете, в якому просторі імен шукати .

Порівняйте це з наступним: stats::plot.prcomp вищезазначене не вдається, оскільки, statsвикористовуючи plot.prcomp, воно не експортується, statsяк помилка нам правильно повідомляє:

Помилка: 'plot.prcomp' - не експортований об’єкт із 'простору імен: статистика'

Це документується наступним чином:

pkg :: name повертає значення експортованого імені змінної у просторі імен pkg, тоді як pkg ::: name повертає значення внутрішньої назви змінної.

Зазвичай я можу вирішити цю проблему, коли комп'ютер знаходиться під моїм контролем, але це більше неприємності при роботі з сіткою. Якщо сітка не є однорідною, не всі бібліотеки можуть бути встановлені, і мій досвід часто був у тому, що пакет не був встановлений, оскільки залежність не була встановлена. Щоб вирішити це, я перевіряю наступне:

1. Чи встановлений Fortran? (Шукайте "gfortran".) Це впливає на кілька основних пакетів у Р.
2. Установлена ​​Java? Чи правильні шляхи до класу Java?
3. Переконайтеся, що пакет був встановлений адміністратором та чи доступний він для використання відповідним користувачем. Іноді користувачі встановлюватимуть пакунки в неправильних місцях або працюватимуть без відповідного доступу до потрібних бібліотек. .libPaths()це хороша перевірка.
4. Перевірте lddрезультати для R, щоб бути впевненим у спільних бібліотеках
5. Добре періодично запускати сценарій, який просто завантажує кожен необхідний пакет і робить невеликий тест. Це вирішує проблему з пакетом якомога раніше в робочому процесі. Це схоже на побудову тестування або тестування одиниць, за винятком того, що це як тест на дим, щоб переконатися, що саме основні речі працюють.
6. Якщо пакети можна зберігати у доступному для мережі місці, чи не так? Якщо вони не можуть, чи є спосіб забезпечити послідовну версію на всіх машинах? (Це може здатися вільним, але правильна установка пакета включає наявність правильної версії.)
7. Чи доступний пакет для даної ОС? На жаль, не всі пакети доступні на різних платформах. Це повертається до кроку 5. Якщо можливо, спробуйте знайти спосіб поводження з іншою ОС, переключившись на відповідний аромат упаковки або відключіть залежність у певних випадках.

Зустрівши це досить небагато, деякі з цих кроків стають досить рутинними. Хоча номер 7 може здатися непоганою відправною точкою, вони перераховані приблизно в тому порядку, за яким частотою я їх використовую.

Якщо це відбувається під час перевірки вашого пакету (перевірка CMD), подивіться на свій НАЗАД.

Ви можете вирішити це, додавши в NAMESPACE наступне твердження:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Це експортує все, що не починається з крапки ("."). Це дозволяє мати приховані функції, починаючи з крапки:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

У мене була помилка

Помилка: не вдалося знайти функцію some.function

трапляється, коли я робив R CMD перевірку пакету, який я робив з RStudio. Я знайшов додавання

exportPattern (".")

щоб файл NAMESPACE зробив свою справу. Як сторонне позначення, я спочатку налаштував RStudio використовувати ROxygen для виготовлення документації - і вибрав конфігурацію, де ROxygen запише мій файл NAMESPACE для мене, який постійно стирав мої зміни. Отже, в моєму випадку я зняв NAMESPACE з конфігурації Roxygen і додав exportPattern (".") До NAMESPACE, щоб вирішити цю помилку.

Ця помилка може виникнути, навіть якщо ім'я функції є дійсним, якщо деякі обов'язкові аргументи відсутні (тобто ви не надали достатньо аргументів).
Я отримав це в контексті Rcpp, де я написав функцію C ++ з опціональними аргументами, і не надавав цих аргументів у Р. Виявилося, що опціональні аргументи з C ++ були визнані R. обов'язковими. В результаті R не міг знайти функція узгодження правильної назви, але неправильна кількість аргументів.

Функція Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
R Дзвінки:
RcppFunction(0)збільшує помилку
RcppFunction(0, 0)не

Rdocumentation.org має дуже зручну функцію пошуку, яка, крім іншого, - дозволяє знаходити функції - з усіх пакетів на CRAN, а також з пакетів від Bioconductor та GitHub.

Якщо ви користуєтесь, parallelMapвам потрібно буде експортувати власні функції до підлеглих завдань, інакше ви отримаєте помилку "не вдалося знайти функцію".

Якщо ви встановите на parallelStartодному аргументі невідсутній рівень, вам слід передати parallelExport, інакше ви отримаєте ту ж помилку. Тому цього слід суворо дотримуватися:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

Ви можете виправити цю помилку за допомогою проміжків імен :: виклик функції

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

до

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

Я отримав те саме, помилка, я запустив версію .99xxx, я перевірив на оновлення з меню довідки та оновив My RStudio до 1.0x, тоді помилка не прийшла

Настільки просте рішення, просто оновіть свою R Studio