Імпорт файлів Excel у R, xlsx або xls

Будь ласка, хтось може мені допомогти щодо найкращого способу імпорту файлу excel 2007 (.xlsx) у R. Я пробував кілька методів, і жоден, здається, не працює. Я оновив до 2.13.1, Windows XP, xlsx 0.3.0, я не знаю, чому помилка постійно з’являється. Я намагався:

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx","DNA_Tag_Numbers")

АБО

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx",1)

але я отримую помилку:

 Error in .jnew("java/io/FileInputStream", file) : 
  java.io.FileNotFoundException: C:\AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx (The system cannot find the file specified)

Дякую.

Для рішення, яке позбавлене прискіпливих зовнішніх залежностей *, існує readxl:

Пакет readxl дозволяє легко отримувати дані з Excel та в R. У порівнянні з багатьма існуючими пакетами (наприклад, gdata, xlsx, xlsReadWrite) readxl не має зовнішніх залежностей, тому його легко встановити та використовувати у всіх операційних системах. Він призначений для роботи з табличними даними, що зберігаються в одному аркуші.

Readxl підтримує як застарілий формат .xls, так і сучасний формат .xlsx на основі xml. Підтримка .xls стала можливою за допомогою бібліотеки libxls C, яка абстрагує багато складностей базового двійкового формату. Для синтаксичного аналізу .xlsx ми використовуємо бібліотеку RapidXML C ++.

Його можна встановити так:

install.packages("readxl") # CRAN version

або

devtools::install_github("hadley/readxl") # development version

Використання

library(readxl)

# read_excel reads both xls and xlsx files
read_excel("my-old-spreadsheet.xls")
read_excel("my-new-spreadsheet.xlsx")

# Specify sheet with a number or name
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = "data")
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = 2)

# If NAs are represented by something other than blank cells,
# set the na argument
read_excel("my-spreadsheet.xls", na = "NA")

* не є суто істинним, він вимагає Rcppпакету , який, у свою чергу, вимагає Rtools (для Windows) або Xcode (для OSX), які є зовнішніми залежностями від R. Але вони не вимагають жодної возиння із шляхами тощо, тому це перевага над залежностями Java та Perl.

Оновлення Зараз існує пакет rexcel . Це обіцяє отримати форматування Excel, функції та багато інших видів інформації з файлу Excel і в R.

Ви також можете спробувати пакет XLConnect. Мені пощастило з цим більше, ніж xlsx (крім того, він також може читати файли .xls).

library(XLConnect)
theData <- readWorksheet(loadWorkbook("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx"),sheet=1)

також, якщо у вас виникли проблеми з тим, що ваш файл не знайдено, спробуйте вибрати його за допомогою file.choose ().

Я точно спробував би read.xlsфункцію в gdataпакеті, яка набагато зріліша за xlsxпакет. Для цього може знадобитися Perl ...

Оновлення

Оскільки відповідь нижче трохи застарілий, я просто зверну увагу на пакет readxl . Якщо аркуш Excel добре відформатований / викладений, я б тепер використовував readxl для читання з книги. Якщо аркуші погано відформатовані / викладені, тоді я все одно експортую до CSV, а потім вирішую проблеми в R або через, read.csv()або просто старий readLines().

Оригінал

Моїм кращим способом є збереження окремих аркушів Excel у файлах із значеннями, відокремленими комами (CSV). У Windows ці файли пов'язані з Excel, тому ви не втратите "функцію" подвійного клацання, відкривши в Excel.

Файли CSV можна читати в R за допомогою read.csv(), або, якщо ви знаходитесь у певному місці або за допомогою комп'ютера, налаштованого з деякими європейськими налаштуваннями (де ,використовується десятковий знак ), за допомогою read.csv2().

Ці функції мають розумні налаштування за замовчуванням, що спрощує читання відповідним чином відформатованих файлів. Просто залиште будь-які мітки для зразків або змінних у першому рядку або стовпці.

Додаткові переваги зберігання файлів у форматі CSV полягають у тому, що, оскільки вони є простим текстом, їх можна дуже легко передавати, і ви можете бути впевнені, що вони будуть відкриватися де завгодно; не потрібно Excel для перегляду або редагування даних.

Приклад 2012:

library("xlsx")
FirstTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 1 , stringsAsFactors=F)
SecondTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 2 , stringsAsFactors=F)

• Я спробував би пакет "xlsx", оскільки з ним легко працювати і здається досить зрілим
• працював у мене чудово, і мені не потрібні додаткові засоби, такі як Perl чи що завгодно

Приклад 2015 року:

library("readxl")
FirstTable  <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 1)
SecondTable <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 2)

• в даний час я використовую readxl і маю хороший досвід роботи з ним.
• додаткові речі не потрібні
• хороша продуктивність

Цей новий пакет добре виглядає http://cran.r-project.org/web/packages/openxlsx/openxlsx.pdf Він не вимагає rJava і використовує 'Rcpp' для швидкості.

Якщо ви стикаєтеся з тією ж проблемою, і R видає вам помилку - не вдалося знайти функцію ".jnew" - Просто встановіть бібліотеку rJava. Або якщо у вас це вже є, просто запустіть бібліотеку рядків (rJava). У цьому має бути проблема.

Крім того, всім повинно бути зрозуміло, що з файлами csv та txt легше працювати, але життя непросте, і іноді потрібно просто відкрити xlsx.

Нещодавно я виявив функцію Шауна Вілера для імпорту файлів Excel у R, зрозумівши, що пакет xlxs не був оновлений для R 3.1.0.

https://gist.github.com/schaunwheeler/5825002

Ім'я файлу має мати розширення ".xlsx", і файл не може бути відкритим під час запуску функції.

Ця функція дійсно корисна для доступу до роботи інших людей. Основні переваги перед використанням функції read.csv - це коли

• Імпорт декількох файлів Excel
• Імпорт великих файлів
• Файли, які регулярно оновлюються

Використання функції read.csv вимагає ручного відкриття та збереження кожного документа Excel, що займає багато часу та дуже нудно. Тому використання функції Шаона для автоматизації робочого процесу є суттєвою допомогою.

Великий реквізит Шауну для цього рішення.

Для мене пакет openxlx працював найпростіше.

install.packages("openxlsx")
library(openxlsx)
rawData<-read.xlsx("your.xlsx");

Яка ваша операційна система? Яку версію R ви використовуєте: 32-розрядну або 64-розрядну? Яку версію Java ви встановили?

У мене була подібна помилка, коли я вперше почав використовувати read.xlsx() функцією, і виявив, що моя проблема (яка може бути або не пов’язана з вашою; принаймні, цю відповідь слід розглядати як «спробуй теж») була пов’язана з несумісністю пакета .xlsx з 64-розрядною Java. Я впевнений, що для пакета .xlsx потрібна 32-розрядна Java.

Використовуйте 32-розрядну версію R та переконайтеся, що встановлена ​​32-розрядна Java. Це може вирішити вашу проблему.

Ви перевірили, що R насправді може знайти файл, наприклад, file.exists ("C: /AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx")? - Бен Болкер 14 серпня '11 о 23:05

Наведений вище коментар повинен був вирішити вашу проблему:

require("xlsx")
read.xlsx("filepath/filename.xlsx",1) 

повинен працювати нормально після цього.

Можливо, ви зможете зберігати кілька вкладок та більше інформації про форматування, якщо експортуєте у файл електронної таблиці OpenDocument ( ods ) або старіший формат Excel та імпортуєте його за допомогою зчитувача ODS або зчитувача Excel, про який ви згадали вище.

Як сказано тут багатьма, я пишу те саме, але з додатковим зауваженням!

Спочатку нам потрібно переконатися, що в нашій R Studio встановлені два пакети:

1. "readxl"
2. "XLConnect"

Для того, щоб завантажити пакет у R, ви можете скористатися наведеною нижче функцією:

install.packages("readxl/XLConnect")
library(XLConnect)
search()

search відобразить список поточних пакетів, доступних у вашій R Studio.

Тепер ще одна фішка, хоча у вас можуть бути ці два пакети, але ви все одно можете зіткнутися з проблемою під час читання файлу "xlsx", і помилка може бути як "помилка: більше стовпців, ніж назва стовпця"

Щоб вирішити цю проблему, ви можете просто зберегти лист Excel "xlsx" у

"CSV (з комою)"

і ваше життя буде супер легким ....

Веселіться !!

Я дуже старався над усіма наведеними вище відповідями. Однак вони насправді не допомогли, тому що я використовував mac. Бібліотека rio має цю функцію імпорту, яка в основному може імпортувати будь-який тип файлу даних у Rstudio , навіть ті файли, що використовують мови, відмінні від англійської!

Спробуйте коди нижче:

    library(rio)
    AB <- import("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx")
    AB <- AB[,1]

Сподіваюся, це допоможе. Детальніше посилання: https://cran.r-project.org/web/packages/rio/vignettes/rio.html